donmigel_62: (кот - учёный)

Генетики всерьёз берутся за продолжительность жизни


Пионер секвенирования человеческого генома Дж. Крэйг Вентер обеими ногами прыгнул в биомедицину. Летом заработает в полную силу его новая фирма Human Longevity Inc.: «диагностика и лечение методами геномики и клеточной терапии». Конечная цель — здоровое старение.

На специальной пресс-конференции основатель и генеральный директор Института Дж. Крейга Вентера, размещённого в Сан-Диего (Калифорния), объявил, что начальный капитал стартапа составляет $70 млн — и этого хватит на то, чтобы построить крупнейший в мире центр по секвенированию человеческого генома, который превзойдёт даже китайскую компанию BGI. Фирма планирует приобрести 20 новых секвенирующих машин компании Illumina за миллион долларов каждая. После выхода на полную мощность стартап снизит стоимость получения человеческого генома до $1 000. В 2007 году, напомнил г-н Вентер, на это ушли $100 млн и девять месяцев.

Слева направо: Питер Диамандис, Крейг Вентер и Роберт Харири (фото Brett Shipe).

Пока секвенирование генома ничего не даёт врачам и пациентам — за исключением того, что позволяет выявить генетический профиль опухоли, определяя тем самым прогноз и лечение. Г-н Вентер намерен собрать воедино «всё, что мы можем измерить» и сопоставить это с клиническими данными. Он надеется найти таким образом закономерности, которые позволят понять, какое лечение или превентивные меры будут самыми эффективными. «Геномика — только часть картины», — подчёркивает учёный. Но именно с неё и начнут: в первый год будет секвенировано 40 тыс. геномов, а через пять лет центр выйдет на полмиллиона в год.


Первой целью компании станет рак. Будут секвенированы опухоли всех пациентов онкологического центра Калифорнийского университета в Сан-Диего, а также ДНК здоровых образцов ткани (конечно, с согласия человека). Кроме того, специалисты составят каталог микроорганизмов, живущих в теле каждого пациента, и проанализируют кровь — примерно на 2 400 химических веществ. Информация о семи тысячах больных раком будет дополнена сведениями о детях, долгожителях, других здоровых людях — отчасти для того, чтобы найти варианты генов, которые защищают от болезни.

Полученные данные объединят с тем, что содержится в медицинских картах. По соглашению с университетом компания может работать с его архивами. Более того, она планирует лицензировать доступ другим фармацевтическим и биотехнологическим фирмам, а также научным организациям.

Если брак геномики с микробиомами и метаболомикой не принесёт ожидаемых результатов, г-н Вентер позовёт на помощь стволовые клетки. Human Longevity оценит генетические изменения в стволовых клетках, то, как они дифференцируются и стареют, — снова имея в виду обнаружение способов, которые отсрочат старение и начало болезни.

Некоторых беспокоит, что г-н Вентер берёт на себя так много. Коммерческое предприятие должно быть сфокусированным, считает Джордж Чёрч из Гарварда, сам не только геномик, но и основатель нескольких стартапов. Есть по крайней мере одна компания, которая занимается лишь микробиомами. Стволовые клетки тоже активно изучаются. Анализ геномов на рак осуществляется и онкологическими центрами, и частниками. Чтобы утвердиться на этом рынке, нужны огромные ресурсы и большая доля везения, подчёркивает г-н Чёрч, а выдержать конкуренцию сразу на нескольких фронтах будет ещё труднее.

«Собрать такое количество данных — та ещё задача, а их эффективная интеграция — нечто по ту сторону добра и зла, — согласен с коллегой биохимик Джереми Николсон из Имперского колледжа Лондона (Великобритания), возглавляющий там Международный феномный центр — один из самых высокопроизводительных в мире. — Это величайшее научное предприятие, но оно напоминает попытку измерить Эверест вслепую».

Нельзя не заметить, что г-н Вентер славится умением мыслить масштабно и находить ресурсы для выполнения своих планов. В то же время его набеги в частный сектор успешными не назовёшь. Будучи президентом и главным директором по науке компании Celera Genomics в Роквиле (Мэриленд), он руководил первым в мире проектом по секвенированию человеческого генома, но был вынужден оставить компанию, когда та резко поменяла свои приоритеты. Тогда он основал в Сан-Диего фирму Synthetic Genomics Inc., которая в 2009 году попала на первые страницы газет, потому что корпорация ExxonMobil заключила с ней контракт стоимостью $600 млн на разработку коммерческой версии биотоплива из водорослей. Но четыре года спустя условия сотрудничества были пересмотрены, и фирма обратилась к более фундаментальным исследованиям. В случае с Human Longevity г-ну Вентеру помогли: соучредителями компании стали предприниматель Роберт Харири, подвизающийся в сфере стволовых клеток, и основатель премии XPRIZE Питер Диамандис. Время покажет, какая продолжительность жизни будет у этой смелой авантюры.


Подготовлено по материалам ScienceNOW.


Интервью с Крейгом Вентером Ноябрь 2013

"Творец". К трёхлетию создания синтетической жизни. Дайджест.

Вакцина по электронной почте.
donmigel_62: (кот - учёный)

Создан карманный секвенсор ДНК (видео)

Создан карманный секвенсор ДНК

Представлен первый в своем роде портативный прибор для секвенирования ДНК. Это открывает новые возможности для небольших лабораторий с ограниченным бюджетом. Также, впервые становится возможным анализ ДНК в полевых условиях.





Компания Oxford Nanopore представила портативный секвенсор ДНК MinION, который способен читать фрагменты ДНК длиной до 10 тысяч пар нуклеотидов. Это первый доступный секвенсор, который использует технологию нанопор. Данная технология разрабатывалась в течение почти двух десятилетий, она основана на определении оснований ДНК путем измерения изменений в электропроводности при прохождении через крохотные отверстия.


Устройство секвенирования ДНК MinION – это первый портативный и относительно недорогой прибор, который позволяет анализировать рекордно длинные участки ДНК

Разработчики утверждают, что приборы MinION будут дешевле и гораздо быстрее, чем существующие технологии секвенирования.

Пока еще MinION не продается и доступен лишь по предзаказу, но биолог Дэвид Джаффе (David Jaffe) из Broad Institute в Кембридже получил возможность использовать его в ходе экспериментов по секвенированию ДНК двух бактерий: Escherichia coli и Scardovia, которые обитают в полости рта любого человека. Ученый опубликовал результаты своих исследований, которые позволяют судить о качестве нового секвенсора.

«Это милое устройство размером и формой похожее на пачку жевательной резинки. Прибор светится симпатичными огоньками, а его вентилятор издает приятное гудение, - шутит Дэвид Джаффе. - Однако техническая сторона секвенсора прибора вызывает смешанные чувства».

Средняя длина секвенируемых MinION-ом участков ДНК составила 5 400 пар нуклеотидов, а в некоторых случаях – до 10 000. Это больше, чем самая передовая современная технология секвенирования, созданная компанией Illumina, обеспечивающая секвенирование сотен пар нуклеотидов. Надо отметить, что в настоящее время для секвенирования используется в основном так называемый метод Сэнгера, предложенный еще в 1977 году. Он позволяет секвенировать до 1000 пар нуклеотидов.

Как видим, MinION превосходит даже самые современные секвенсоры, размером со стиральную машину. Однако Дэвид Джаффе отмечает, что в 2012 году разработчики MinION-а обещали возможность секвенирования более длинных фрагментов ДНК.

Также, ученый обнаружил, что MinION с трудом секвенирует отдельные части бактериальных геномов (это можно сравнить со смазанными буквами в середине текста). Данный факт вызывает у Дэвида Джаффе беспокойство, так как систематические ошибки в расшифровке скорректировать труднее, чем случайные. В своих экспериментах ученый столкнулся с повторяющимися ошибками, которые помешали ему провести полное секвенирование двух геномов бактерий. Для заполнения пробелов пришлось использовать секвенсор Illumina.

Несмотря на существующий недостаток с чтением трудных участков генома, по мнению биолога Дэвида Джаффе, новый прибор обладает огромным потенциалом. Даже при текущей цене в $1000 + $250 за доставку, MinION может использоваться большим числом лабораторий и, главное, больниц, где особенно нужны дешевые секвенсоры для диагностики самых сложных заболеваний.

При высоком качестве образца ДНК или окончательном исправлении специалистами Oxford Nanopore проблемы с систематическими ошибками, MinION открывает для исследователей огромные перспективы. Даже сейчас, по словам Джаффе, прибор в подавляющем количестве случаев читает длинные участки ДНК без каких-либо ошибок. Это впервые дает возможность использовать по-настоящему компактный секвенсор, как в лаборатории, так и в полевых условиях.

https://www.nanoporetech.com/
donmigel_62: (кот - учёный)
Археология будущего: *7 институтов, которые опережают время*

© NASA

Археология будущего: 7 институтов, которые опережают время

Первая университетская программа по исследованию будущего появилась в 1975 году, с тех пор изучение грядущего превратилось в новую академическую традицию. Глобальные риски, прикладная футурология, роботы, медиа, критические теории, биодизайн и генетика — T&P выбрали 7 институтов, чьи программы действительно опережают время.

Глобальные риски и возможности

Институт изучения Будущего Человечества

Институт изучения Будущего Человечества — мультидисциплинарный исследовательский институт при Оксфорде. Своей главной целью он ставит решение «величайших вопросов человечества» средствами математики, философии и науки. Институционально-исследовательский центр принадлежит факультету философии и связан с Оксфордской Школой Мартин — и, на первый взгляд, кажется удивительно новаторским для самого знаменитого из традиционных университетов всего мира. Здесь изучают влияние технологий будущего, делая предсказание на 40 или 50 лет вперед, оценивают риски глобальных катастроф, занимаются прикладной эпистемологией и взвешивают все аспекты того обстоятельства, что с помощью технологий и медицины будущего человек станет куда более совершенным.

Ник Бостром

директор Института Будущего Человечества

Мы изучаем вещи, потенциально опасные для выживания разумных существ — есть несколько трендов, которые в будущем могут изменить базовые параметры существования человеческого вида. Также мы оцениваем этические перспективы для изучения этих трендов и решаем мифологические вопросы — например, как в принципе можно подходить к исследованию этих вещей в научном ключе.



Все мы помним старый военный постер, который придумало британское правительство во время Второй мировой войны. Мне кажется, там было написано что-то вроде «сохраняйте спокойствие и продолжайте идти». Андерс Сандберг предложил сделать постер для нашего института, на котором было бы написано «сохраняйте спокойствие и работайте над тем, чтобы снизить экзистенциальные риски». В этом есть серьезный подтекст — что касается работы с угрозой человеческому существованию, паника будет только мешать — к экзистенциальным угрозам нужно относиться серьезно и стараться понять, какие конкретные шаги мы можем предпринять, чтобы снизить эти риски.

Прикладная футурология

Университет Сингулярности

Пять лет назад Университет Сингулярности создал футуролог Рэй Курцвейл, чтобы воспитать специалистов XXI века, которые смогли бы использовать стремительно развивающиеся технологии на благо человечества. В создании университета приняли участие нобелевские лауреаты и корпорации вроде Google. Сегодня учебное заведение поддерживают более 20 компаний и инициатив. Университет Сингулярности принадлежит к исследовательскому кампусу НАСА в Кремниевой долине. Здесь изучают искусственный интеллект, передовую вычислительную технику, биотехнологии и нанотехнологии — а также обращаются к энергетике, экологии, политическому законодательству и этике — всем тем аспектам социальной жизни, которые будут связаны с интеграцией новых технологий в будни человечества. Каждый день здесь придумывают решения для глобальных проблем — например, как накормить население земли в семь миллиардов человек, во сколько обойдется синтез искусственного мяса и каких рисков это будет стоить. Стандартный курс обучения длится 10 недель и стоит 25 000$. За пять лет здесь успело отучиться более 1300 студентов, прошло огромное количество конференций — в том числе и по медицине будущего, 37 конкурсов Глобального Влияния и различные программы в 15 странах.

BGI — Beijing Genome Institute главный институт Китая в области изучения генетики. Институт больше всего напоминает футуристическую научную фабрику и имеет самый большой парк машин по расшифровке генома во всем мире. Главная задача института — по замыслу создателей расшифровать последовательность генома всего живого на нашей планете. В отделе по клонированию здесь производят свиней всех форм и размеров, и понемногу готовятся применять те же технологии и к людям. В исследовательском отделе занимаются, помимо всего прочего, природой интеллекта и пытаются придумать такое лекарство, которое помогало бы успешно сдавать экзамены. Для завершения картины можно сказать, что огромная армия рабочих фабрики — это очень молодые ученые: практически каждый ученый из 3000 человек родился после 1980-го года.

Сингапурский хаб биомедицинской инновации Биополис решил устроить совместную образовательную программу со Стэндфордом, в результате чего получилась междисциалинарная программа в области биодизайна для инженеров, ученых, бизнесменов и финансистов. Главная цель программы — создание и раннее тестирование технологий, необходимых в медицинских целях, а также подготовка инноваций в области здравоохранения для Азии. Участники программы должны вместе найти применение своим базовым научным знаниям в области биодизайна и исследовать их потенциал — например, изучить возможности нанотехнологии, молекулярной биологии и так далее.

Биодизайн — одна из главных тем Стэндфорской инициативы BioX initiative, междисциплинарной программы с участием 500 ученых из разных областей, которые ведут исследования в области химической биологии, биофизики, генетики и протеомики. Первая программа в Стэндфорде стартовала в 2001 году, а в 2010 году была запущена совместная программа с Сингапуром при поддержке сингапурского министерства экономического развития, национального агентства по науке технологии и исследованию и Национального Университета Сингапура. Шесть месяцев программы студенты проводят в Стэндфорде, а еще шесть — в Сингапуре, где учащиеся работают с ключевыми азиатскими установками и пытаются создавать, прототипировать и развивать новейшие биомедицинские технологии.

Самая интересная на свете площадка для тех, кто хочет заниматься роботами и технологиями будущего — Медиалаборатория MIT. Здесь есть отдел, который занимается персональными роботами разного масштаба — от сверхновых в привычных гаджетах и вплоть до гуманоидных. Главная задача многих этих роботов — оказывать долговременную эмоциональную и когнитивную поддержку людям. Самый очаровательный пример — специальный робот для госпитализированных детей, который играет с ними, рассказывает истории и имеет полторы тысячи сенсоров. В лаборатории существует множество отделов с различными видами роботехники и медиа-технологий, и даже отделы, которые занимаются вживлением искусственных воспоминаний в мозг, а также музыкой будущего. Здесь ученые анализируют то, как те или иные музыкальные композиции могут влиять на различные формы восприятия, здоровья, обучения.

Калифорнийский университет Санта Круз устроил исследовательский центр при поддержке НАСА в сентябре 2003 года. В соответствии с заказом НАСА, исследования здесь связаны с информационными технологиями, биотехнологиями, нанотехнологиями, компьютерной наукой, астробиологией и фундаментальной биологией. Исследовательский центр проводит долгосрочные исследования мультидисциплинарных задач НАСА. Здесь, например, проводят исследования биомедицинских технологий для покорения человеком космоса, анализы атмосфер других планет, разработку технологий для спутников и космических кораблей, технологии для поддержания работы в опасных средах, и многое другое.

В исследовательском центре базируется Институт Системного Обучения Systems Teaching Institute (STI) — здесь хотят научить ученых, инженером и преподавателей XXI века. Основная идея НАСА состоит в том, что им нужны ученые и инженеры, которые бы в процессе обучения получали опыт работы — точно так же, как его получают студенты медицинских вузов. Программы создаются в соответствии с реальными задачами НАСА, которыми занимается исследовательский центр — и это помогает студентам одновременно работать над теорией и практикой.

Философия и критическая теория

Global Center of Advanced Studies

Global Center of Advanced Studies появился как реакция на состояние высшего образования в Америке, где большая часть университетских программ превратилась в стандартный набор бизнес-курсов. Взамен этого центр предоставляет базовые знания, которыми должен обладать гражданин свободного и демократического общества — чтобы бороться с бедностью, экологическими кризисами, безработицей и политической нестабильностью. Институт предоставляет широкий обзор тем, включающий критическую философию, изучение медиа, гендерные исследования, теорию литературы, расовые, этнические и культурные исследования, политику, критическую теологию и даже изучение спорта и нейроанализ. Здесь принципиально практикуют дистанционное обучение и воркшопы в резиденциях — сейчас можно послушать курсы о теории после смерти бога , феминизме марксизме и психоанализе, а в самое ближайшее время будут читаться курсы о критической теории и политической экономии.

donmigel_62: (кот - учёный)
Человечество — новый сезон: *каким будет 2014 год в науке и технологиях*

Человечество — новый сезон: каким будет 2014 год в науке и технологиях

Закон Мура, неофициальный гимн технократической цивилизации, подразумевает, что вычислительные мощности удваиваются каждые 24 месяца. К концу 2013 закон забуксовал — вице-президент Intel Уильям Холт заявил, что впервые в истории производства кремниевых транзисторов компания не попала в тренд. Значит ли это, что предел будущего достигнут? Нет, на пороге нового года испарения постиндустриальной цивилизации кристаллизуются в очертания нового мира: квантовые компьютеры, суборбитальные полеты, виртуальная реальность, трикодеры, напечатанные органы, антивещество и нейронные карты — 2014 год в технологиях и науке в этом обзоре.



Последний рубеж

Virgin Galactic, SpaceX и изучение комет

В 2014 человечество еще на один шаг приблизится к тому, чтобы стать по-настоящему межпланетарным видом. Благодаря Ричарду Брэнсону и Virgin Galactic каждый, кто готов потратить 250 тысяч долларов, сможет совершить космическое путешествие на корабле SpaceShipTwo. 10 января компания удачно завершила третий сверхзвуковой тест и обещает открыть первую постоянную линию суборбитальных полетов уже в этом году. Теперь, чтобы заглянуть в лицо солнечной системе не обязательно становиться космонавтом — достаточно денег, хорошего здоровья и терпения на очередь в 400 человек.

Более серьезные задачи в этом году стоят перед Элоном Маском. Его компания SpaceX продолжит испытания многоразовой системы вертикального взлета Grasshopper и ракеты-гиганта Falcon Heavy, которая должна доставить тонны полезного груза в предполагаемой экспедиции на Марс. Но главные события отрасли произойдут все еще на базе государственных инициатив. Космический аппарат «Розетта», запущенный Европейским космическим агентством 9 лет назад, достигнет кометы Чурюмова-Герасименко, впервые в истории возьмет пробу с небесного тела подобного типа и добавит в копилку наших представлений о Вселенной новые знания. Индийский зонд «Мангальян» и спутник НАСА MAVEN синхронно достигнут орбиты красной планеты в сентябре 2014. Также в течение года американский марсоход Curiosuty и китайский луноход Чанъэ-3 продолжат радовать землян фотографиями и научными открытиями с рубежей осваиваемого мира.

Цифровая медицина

Трикодер и приложение по рецепту

Человечество все меньше желает умирать и все больше думает о бессмертии. На фундаментальном уровне науку долголетия будут поддерживать созданная Google компания Calico и организация Breakthrough Prize. Но пока бесконечная жизнь остается коллективным помешательством технологической элиты Кремниевой долины, в медицине совершается карманная революция. Квест по созданию трикодера — фантастического устройства подручной диагностики — приближается ко второму акту. Прибор Scanadu Scout поступит в продажу в первом полугодии и позволит измерять температуру тела, уровень кислорода в крови, электрическую активность сердца, частоту сердечных сокращений, пульс и вариабельность сердечного ритма. Рука об руку с миниатюрным терапевтом на рынок выходит первое приложение, выписываемое по рецепту, — BlueStar. Программа должна помогать больным сахарным диабетом 2-го типа соблюдать необходимый режим и контролировать состояние здоровья. Кроме мобильных решений, интересные результаты ожидают индустрию на ниве исследования стволовых клеток, лечения рака и окончательного лекарства от СПИДа.

Роботы вместо людей

Массовые увольнения, экзоскелеты и Олимпийские игры

Слово «робот» появилось в международном словаре 93 года назад, но до сих пор обладает фантастической коннотацией. Современные роботы — это пока индустриальные гиганты, неуклюжие пылесосы, бесполезные игрушки и недостижимые объекты желания вроде «Робокопа», ремейк которого выходит на экраны в 2014. Пока робототехника медленно продвигается к стандартам, придуманным классиками научной фантастики в середине ХХ века, крупнейший в мире производитель электроники компания Foxxcon приступает к осуществлению плана заменить миллион рабочих машинами. И хотя решение массовой автоматизации смердит дыханием антиутопии, оно фиксирует очевидную тенденцию человеческой современности — эволюцию от механического труда к творческому. Намного более гуманное событие состоится на чемпионате мира по футболу в Бразилии, где первый удар по мячу сделает подросток с травмой спинного мозга. Это произойдет благодаря разработанному нейробиологом Мигелем Николесисем экзоскелету, который в будущем даст возможность людям с парализованными конечностями вести привычный образ жизни.

Чтобы закрепить успех, к концу 2014 года пройдет финал так называемых «Олимпийских игр для роботов» под присмотром американского военного агентства DARPA. За 2 миллиона долларов будут бороться команды робототехников со всего мира. Соревнования включают в себя совсем непритязательные виды — открыть дверь или подняться по ступенькам и не упасть — и больше похожи на дисциплины «специальной Олимпиады». За неуклюжими роботами можно будет наблюдать онлайн и радоваться, что эволюция — это не скоростной лифт, а длинная лестница.

Пятна Вселенной

Изучение антивещества и нейтрино

Несмотря на то, что Большой адронный коллайдер закрыт на профилактику до 2015, в этом году один из самых больших экспериментов в физике продолжится именно в ЦЕРН и будет связан с изучением антивещества — вещества, состоящего из античастиц. На базе вакуумной ловушки ALPHA пройдут исследования гравитационного взаимодействия антиводорода, чтобы ответить на вопрос — «падает» ли антивещество вниз. Также интересные результаты ожидают физиков после интерпретации данных магнитного альфа-спектрометра, установленного на МКС, и исследований в иллинойском Фермилабе, касающихся изучения нейтрино.

Реальность виртуального

Выход Oculus Rift

Сны о виртуальных мирах мучают человечество уже более полувека и в 2014 станут совсем осязаемыми. В первую очередь это произойдет благодаря Oculus Rift — шлему виртуальной реальности, поступающему в массовую продажу в конце этого года по доступной цене в 499 долларов. Более того, его создатели прототипировали следующее поколение устройства — Crystal Cove, а, учитывая, что в прошлом году к компании Oculus VR присоединился главный архитектор виртуального 90-х Джон Кармак, будущее цифровых фантазмов выглядит достаточно обнадеживающим. Софт для шлема уже включает в себя десятки различных проектов: игры, кино, образовательные программы, эротику, и в новом году количество увлекательных разработок только увеличится.

Кроме Oculus освоение виртуальных пространств всерьез занимаются Sony и Microsoft, но копирование идей не так интересно, как создание новых. Так, приятным бонусом к шлему станет распространение на рынке интерфейсов обратной связи с цифровой действительностью вроде дорожки Virtuix Omni, контроллера Razer Hydra и костюма PrioVR.

Квантовый мир

Квантовый компьютер и год Ватсона

Разработка квантового компьютера — крестовый поход современных инженеров. В 2013 году закон Мура оступился, по крайней мере об этом говорили в Intel, и теперь вся надежда на бесконечный рост производственных мощностей человечества лежит в сфере квантовых вычислений. В 2013 году сущность квантового компьютера стала еще объемнее: прошли первые удачные опыты квантовой телепортации на компьютерном чипе, а на рынке появилась вторая коммерческая машина D-Wave Two (https://en.wikipedia.org/wiki/D-Wave_Two), которая поразила своей скоростью и была срочно куплена в лаборатории Google и NASA. Велика вероятность, что в 2014 Закон Мура будет работать уже на кванты.

Поп-звезда среди вычислительных машин, суперкомпьютер Watson, собранный в лабораториях IBM и выигравший три года назад телешоу Jeopardy!, в этом году наконец-то займется серьезным делом. Искусственный интеллект машины адаптировался к медицине и теперь ставит диагноз рака легких на 40% удачнее врачей из костей и мяса. В 2014 ему предстоит превратиться в облачный сервис и решать задачи консалтинговых компаний, IT-фирм и издательского бизнеса. Новаторские инструменты Watson Discovery Advisor, Watson Analytics и Watson Explorer уже совсем скоро будут доступны к использованию и выведут роль суперкомпьютеров в современном обществе на принципиально другой уровень.

Проблемы безопасности данных, всколыхнувшие общественное сознание в 2013 благодаря разоблачениям Сноудена и бессовестной деятельности АНБ, останутся в центре внимания и в 2014 году. Известно, что АНБ, неозабоченная проблемами приватности, трудится над созданием квантового компьютера, способного обнулить все существующие алгоритмы шифрования. И хотя они довольно далеки от выполнения поставленной задачи, беспокоиться надо уже сейчас. Можно предположить, что и так переполошившееся криптографическое сообщество в 2014 будет работать над контррешением с удвоенной силой.

3D-алхимия

Принтеры и патенты

В 2014 году истекают сроки основных патентов, которые сдерживают лавинообразное развитие отрасли 3D-печати. В феврале исключительные права на использование технологии выборочного лазерного спекания превратятся в тыкву, и мир наводнят дешевые 3D-принтеры, в чьих силах производить изделия более сложной формы. Пока цена на оборудование цифрового ремесленничества будет падать до 200 долларов, количество объектов, доступных для печати, будет расти: еда, внутренние органы, здания. Осталось дождаться, когда научатся печатать настоящих людей или революционные идеи.

Глубокие сети

Интернет вещей, Google Glass и год реакции

В 2014 году интернета станет еще больше — из привычных браузеров он будет все активнее перемещаться в реальный мир. По результатам главной технологической выставки года CES, состоявшейся в январе, понятно, что сети поглотят буквально все: одежду, бытовые приборы и, в перспективе, человеческое тело. Количество представленных на выставке браслетов-треккеров говорит о том, что рынок сбора личной информации как минимум умножится в 10 раз и будет развиваться по экспоненте. Вкупе с такими сервисами, как IFTTT, можно надеяться на появление совсем неожиданных решений для комфортной цифровой жизни.

В начале года Google успела купить компанию Nest Labs — создателя подключенных к сети бытовых приборов. Вместе с деятельностью таких гигантов, как LG, Phillips и Samsung это означает, что в 2014 составные части «умного» дома выйдут из раздела передовых технологий в потребительский мейнстрим. Также в открытую продажу поступит Google Glass, добавив к повседневности концепцию дополненной реальности. Смогут ли очки стать по-настоящему рабочим инструментом до того как пройдут необходимый путь миниатюризации — пока непонятно, но очевидно, что в этом году встреча с людьми, разговаривающими со своей оправой, будет уже неизбежной.

В противоход расширению сетевого пространства в 2014 усилится контроль за интернетом. В России под предлогом борьбы с террористической деятельностью Дума планирует ограничение онлайн-свободы, в частности анонимных электронных платежей. В США на законодательном уровне похоронили принципы сетевого нейтралитета, что позволит крупным провайдерам отдавать предпочтения в скорости определенным сервисам за счет других. Контрреформы интернет-законодательства уже прошли на Украине и ожидаются в Турции. У неприятных тенденций есть и обратная, приятная, сторона — форсирование развития инфраструктуры параллельного интернета и популяризация инструментов анонимизации вроде Tor.

Гены и массы

Потребительская генетика и ребенок от трех родителей

Прошлый год закончился для потребительской генетики и главного игрока в этой сфере — 23andme — встречей с правительственным регулятором и временным ограничением на предоставление медицинских услуг. Пока рынок генотипирования находится под политическим давлением, в недрах компании Illumina изобрели секвенсор нового поколения HiSeq X Ten, который берет принципиальную для индустрии высоту — возможность полной расшифровки генома за 1000 долларов. Аппараты поступят в продажу в середине года, поэтому убежать от повального внедрения технологии в медицину уже будет некуда, а учить основы генетики придется каждому, кто озабочен собственным здоровьем.

В 2014 в Великобритании, возможно, официально появится первый в мире ребенок, у которого будет три родителя. В этом году пройдут парламентские слушания, где обсудят возможность легализации метода искусственного оплодотворения при смешивании генов трех человек, если существует серьезная опасность передачи митохондриальных заболеваний. Подобные процедуры запрещены в США и Китае, но в марте 2013 года британские чиновники от медицины уже высказали более чем терпимое отношение к методу.

Формула Е

Автоуправление, Tesla и чемпионат электрокаров

Автомобили без водителей — это будущее, которое в 2014 году приобретет статус неизбежного. Совместными усилиям вездесущих Google, Volvo, Toyota, Nissan, Ford, BMW и Mercedes-Benz водительские права превратятся в такой же пережиток прошлого как кареты или счеты. Компании продолжат исследования, начатые несколько лет назад, но в этом году — уже в более крупном составе и масштабе, обещая рабочие модели автоматизации к началу 2020-ых.

Не менее важные по значению для автомира события произойдут в индустрии электромобилей. К концу года Tesla запустит линию по сборке дешевого, относительно первой модели компании, кроссовера, а популяризацией идеи машины, отказавшейся от бензина, займется чемпионат FIA Формула-Е. Два десятка спортсменов проведут гонки на электрокарах в 10 городах, чтобы доказать спасительную для планеты и достаточную для быстрой езды силу электричества. Заявленные машины смогут разгоняться до 100 километров в час в течение трех секунд и развивать скорость до 220 километров в час.

Экономика цифр

Биткоины и криптовалюта

Прошлый год стал решающим для мира криптовалют: курс биткоина превысил отметку 1000 долларов, а сама концепция цифровых денег добилась невероятного внимания со стороны бизнеса, СМИ и государства. В 2014 году будет важно закрепить достигнутый успех. Первые две недели пестрят хорошими новостями. Великобритания вслед за Сингапуром и Германией собирается дать биткоинам статус частной валюты. Крупнейший американский онлайн-ритейлер Overstock и большая игровая компания Zynga начали принимать биктоины к оплате. В будущем валюты заинтересованы PayPal, Facebook и Ebay, а журнал Businessweek посвятил феномену место на первой обложке. В 2014 году станут ясны различные стратегии государственного отношения к криптовалютам: от полного отрицания, например, возможного в России, до негласной легализации где-нибудь в отчаянных экономических зонах. Безотносительно к мнению бюрократических структур, свободный рынок будет оказывать все большую поддержку идее децентрализации экономической системы, заложенной в самой его природе, что повлияет на рост популярности не только биткоинов, но и его модификаций: лайткоинов, пиркоинов и других альтернативных криптовалют.

Поиски мозга

Human Brain Project, Brain map и новые гаджеты

В 2014 году приступят к работе главные проекты по нейробиологии: Human Brain Project, получивший 1 миллиард евро на создание полной симуляции мозга на суперкомпьютерах, и Brain Initiative с надеждами на детализированную карту мозга. И хотя настоящие результаты по обоим направлениям ожидаются лишь в конце десятилетия, побочные продукты их работы могут появиться уже в ближайшие 12 месяцев. Весь прошлый год нейробиология преподносила миру весьма неожиданные исследования и зарекомендовала себя как одна из самых активно развивающихся научных дисциплин. И хотя интерпретации опытов чаще похожи на спекуляции, чем больше мы узнаем о том, как работает наша нервная система, тем интереснее смотреть на человека как на биологический вид. Возможно, в 2014 году еще больше поп-нейробиологии материализуется в форме игровых гаджетов или мобильных приложений.

donmigel_62: (кот - учёный)

Обезьянам отредактировали геном

Впервые удалось внести в обезьян генетические модификации с помощью свежего генетико-инженерного метода, основанного на противовирусной защите бактерий.

Один из самых популярных ныне методов генетического редактирования опирается на своеобразную защитную систему, с помощью которой бактерии и археи обороняются от вирусов. Система эта называется CRISPR, сокращённо от Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats — короткие палиндромные повторы в ДНК, регулярно расположенные группами. Эти повторы перемежаются другими последовательностями, которые происходят из генома бактериофагов. Оказалось, что повторы плюс последовательности вирусов, расположенные между ними, плюс фермент, который с ними работает, образуют вместе систему защиты, действующую подобно РНК-интерференции у эукариот: чужеродная последовательность определяется сравнением с неким шаблоном, после чего уничтожается.

Детёныши макаки-крабоеда, модифицированные с помощью системы CRISPR/Cas9 (фото авторов работы).

Фермент Cas9, который обслуживает бактериальную систему CRISPR (точнее, CRISPR/Cas9), быстро взяли в оборот генные инженеры: с его помощью, как оказалось, можно редактировать ДНК и в эукариотических клетках. У бактерий Cas9 направляют к месту работы специальные РНК, которые для генно-инженерного метода объединили. То есть в клеточной ДНК выбирается некая последовательность, с которой мы хотим провести «хирургическую» операцию, к этой последовательности создаётся РНК, которая потом ведёт за собой фермент, — и там, где образуется комплементарная пара между ДНК и РНК, фермент начнёт работать.



Сам Cas9 тоже не избежал «тюнинга»: модифицируя ту его часть, которая взаимодействует с ДНК, добавляя к ней те или иные строительные блоки, исследователи получили набор ферментов, которые могли активировать или подавлять транскрипцию заданного гена, метилировать и деметилировать участки ДНК и т. д. Но главное — всё это можно было делать с большой точностью и эффективностью: фермент работал именно там, куда ему указывали, и работал всегда.

Понятно, что таким образом можно было бы целенаправленно вводить мутации и наблюдать за тем, как будет функционировать мутированный ген, а можно, наоборот, избавлять гены от дефектов. Предполагается, что с помощью генетико-инженерной системы на основе CRISPR/Cas9 можно будет раз и навсегда найти средство против генетических заболеваний. В общем, революционность метода трудно переоценить.

Однако прежде, чем эта технология начнёт применяться на человеке, её нужно испытать на животных. До сих пор способ использовали на мышах и крысах, но грызуны от человека отстоят относительно далеко, так что все ждали, когда кто-нибудь проверит новый метод на обезьянах. И вот исследователи из Нанкинского медицинского университета (Китай) опубликовали в журнале Cell статью с сообщением о том, что им удалось получить таким манером трансгенных приматов — впервые в мире.

До сих пор, когда нужно было мутировать обезьяну, мутации вводили с помощью модифицированных вирусов. Метод работал, но мутации попадали в непредсказуемые места и в непредсказуемом количестве. Понятно, почему учёные ухватились за систему CRISPR/Cas9. Сначала её проверили на культуре клеток обезьяны, попытавшись отключить в них некоторые гены. Получив удовлетворительный результат, учёные перешли на самих обезьян: Цзяхао Ша (Jiahao Sha) и его коллеги промодифицировали в 180-клеточном эмбрионе макаки-крабоеда сразу три гена в каждой из эмбриональных клеток. Всего такую операцию провели с 83 эмбрионами, которые затем имплантировались самкам.

Забеременело десять из них, до финиша же дошла одна, родив двух детёнышей с мутациями в гене Ppar-γ, регулирующем метаболизм, и в иммунном Rag1.

Оба гена связаны с некоторыми человеческими болезнями, однако у родившихся макак никаких явных признаков нездоровья пока нет. Исследователи собираются и дальше наблюдать за своими генетически модифицированными подопечными, а заодно проверить, все ли их клетки несут мутации.

Авторы работы подчёркивают, что их целью было просто испытать CRISPR/Cas9 на приматах, чтобы понять, будет ли метод хоть как-то с ними работать. Поскольку результат оказался положительным, можно уже думать над тем, как повысить эффективность способа и устранить подводные камни. И надеяться на то, что подводных камней не окажется настолько много, что это поставит под сомнение саму целесообразность применения метода на обезьянах.

Подготовлено по материалам Nature News.
donmigel_62: (кот - учёный)

Новая эпигенетическая модификация помогает клеткам оставаться стволовыми

Чтобы поддержать стволовые гены в активном состоянии, клетки используют цитруллиновую модификацию гистонов, из-за которой эти белки вынуждены уйти с ДНК и открыть нужные гены для транскрипции.

Стволовые клетки отличаются от обычных набором активных генов. Гены специализации у них молчат, зато активны те, что поддерживают клетки в постоянном делении. И наоборот: у специализированных клеток «стволовые» гены должны помалкивать. Но при этом у стволовых клеток гены дифференцировки обязаны быть всегда под рукой, чтобы по первому же сигналу начать превращать клетку в специализированную.

Как держать одни гены активными, а другие — нет? Надо по-разному упаковывать их с белками гистонами. Известно, что ДНК в ядре находится в комплексе с гистонами, образуя хроматин, и от степени конденсации хроматина зависит доступность генов на том или ином участке ДНК: если хроматин сильно конденсирован и если ДНК плотно упакована, то молекулярные машины для синтеза РНК до неё просто не доберутся.

Человеческие плюрипотентные стволовые клетки (фото Dennis Kunkel Microsopy, Inc.).

Поэтому, возвращаясь к стволовым и специализированным клеткам, можно сказать, что они различаются распределением плотно и неплотно упакованной ДНК. На плотность упаковки влияют модификации гистонов: эти белки подвергаются метилированию, ацетилированию, убиквитинилированию и т. д., после чего иначе ведут себя с ДНК.



Международной команде исследователей из Каролинского института (Швеция), Кембриджа (Великобритания) и других научных центров удалось найти ещё одну модификацию гистонов — с помощью аминокислоты цитруллина. В белках он появляется в результате превращения аминокислоты аргинина, и об этой реакции известно давно; считается, что цитруллинизация белков может вести к разным болезням, от аутоиммунных до нейродегенеративных. Цитруллин находили и в гистонах и даже предполагали, что он как-то связан с регуляцией транскрипции, однако до поры до времени это оставалось гипотезой.

И вот сейчас наконец-то удалось точно установить, зачем нужен цитруллин в гистонах. Оказывается, как пишут исследователи в Nature, цитруллиновая модификация гистонов помогает плюрипотентным стволовым клеткам поддерживать в себе способность делиться и превращаться в разные типы клеток. Цитруллин уменьшает положительный заряд на гистонах, из-за чего им приходится покинуть отрицательно заряженную ДНК. В результате в клетке остаются активными именно те гены, которые удерживают её в стволовом состоянии.

Можно было ожидать, что цитруллин имеет отношение к эпигенетическим модификациям, то есть что он не просто так сидит в гистонах, а влияет на активность генов. Однако особая важность полученных результатов в том, что эта модификация воздействует на функционал не просто каких-нибудь генов, а именно тех, что поддерживают клетку в стволовом виде. В общем, не исключено, что эти данные в скором времени будут использованы в практических целях, для получения и поддержания устойчивых линий «всемогущих» стволовых клеток.

Подготовлено по материалам Каролинского института. Изображение на заставке принадлежит Shutterstock.

donmigel_62: (кот - учёный)

Sony вкладывается в генетику

Компания Sony займется изучением генома

Многие технологические гиганты, кроме своего основного бизнеса занимаются побочной деятельностью весьма далекой от главного их направления. Например, компания Google помимо электроники изучает главные вопросы, касающиеся Луны, а вот японская компания Sony объявила о своих планах, касающихся изучения генотипа человека.




Sony совместно с медицинской компанией М3, основной пакет акций которой принадлежит японской компании, и американским производителем оборудования для секвенирования генома человека Illumina объявила о создании нового дочернего подразделения под названием P5 Inс, которое будет заниматься сбором и обработкой генетических данных, сообщает портал theverge.com.

В данной программе подразделение P5 Inс должно предоставлять полученные генетические данные японским научно-исследовательским институтам и фармацевтическим компаниям. В будущем Sony планирует не ограничиваться только японскими компаниями, а также предоставлять медицинскую информацию частным пациентам, заняться персонализированной медициной, разработкой новых методов лечения и определением симптомов заболеваний.

Стоит отметить, что современная медицина сейчас является чрезвычайно важной областью для Sony. Руководитель японской компании Каз Хирай (Kaz Hirai) в 2012 году объявил о том, что в скором времени это направление станет одним из основных бизнесов компании. В подтверждение этого Sony совместно с Olympus уже инвестировала 644 миллиона долларов на разработку высокотехнологичных 3D- и 4K-эндоскопов.

Артем Батогов
donmigel_62: (кот - учёный)

Технологии, которые уже сейчас меняют мир

Сидней

Мы живем в эпоху стремительных перемен. Технологии меняются быстрее, чем многие из нас — и многие из нас с этим не справляются. В то же время можно настолько погрузиться в блестящие видения будущего, что легко не заметить поразительных вещей, которые уже происходят сегодня в области науки и техники. К счастью, мы держим вас в курсе. Ниже вы найдете девять недооцененных или полузабытых технологий, которые могут до неузнаваемости изменить мир, к которому вы так привыкли.

1. Быстрое и недорогое секвенирование ДНК

Геном

Большинство из нас знают о секвенировании ДНК, но едва ли вы представляете, каким быстрым и недорогим оно становится. Некоторые эксперты считают, что секвенирование следует своему собственному закону Мура. Как отмечал Эдриан Бурке, скорость секвенирования генома увеличивается более чем в два раза каждые два года с 2003 года. Тогда процедура стоила 3,8 миллиарда долларов. Сегодня, благодаря достижениям в химии нуклеиновых кислот, компания вроде Life Technologies может обрабатывать ДНК на полупроводниковом чипе всего за 1000 долларов. Другие компании могут секвенировать последовательность генома за один день. Последствия могут быть колоссальны, вплоть до создания лекарства специально для вашего генома.




2. Цифровая валюта

Биткоин

Идея цифровой валюты понемногу сходит на нет и сбавляет обороты, в том числе и Bitcoin, но чего многие из нас не понимают, так это того, что это всерьез и надолго. Конечно, как и всегда, первый блин комом. Однако, когда она будет создана и распространена, электронная валюта позволит создать удобные и эффективные онлайн-биржи — и все это без необходимости существования надоевших банков. Несмотря на очевидную необходимость распространенного протокола цифровой валюты, уровень принятия довольно низок. Входные барьеры включают доступность (пока она ограничена в поддержке), проблемы с криптографией (публике все еще нужно убедиться, что это безопасно), создание признанной и надежной системы торгов и доверие пользователей (когда впервые появились бумажные деньги, это также было проблемой).

3. Мемристоры

Мемристор

В 1971 году профессор Калифорнийского университета в Беркли Леон Чуа предсказал революцию электрических цепей, и его прогноз наконец осуществился. Традиционные схемы строятся с конденсаторами, резисторами и катушками индуктивности. Но Чуа предположил, что может быть и четвертый компонент — мемристор (сокращенно от «мемори резистора»). В переводе на русский язык это называется также пизастором — сокращенно от резистора потока и заряда. Отличие этой инновационной технологии в том, что резистор может «запоминать» заряд даже после того, как отключается энергия. В результате это позволяет мемристору или пизастору хранить информацию. Появились предположения, что мемристор может стать частью компьютерной памяти — в том числе энергонезависимой твердотельной памяти, которая значительно плотнее, чем традиционные жесткие накопители. Первый мемристор был разработан в мае 2008 года силами HP, которые планируют выпустить коммерческий вариант в конце 2014 года. И в отличие от накопителей данных мемристоры могут быть полезными в обработке сигналов, нейронных сетей и мозг-компьютерных интерфейсов.

4. Роботы, которые творят невероятные вещи


Сегодня у нас есть роботы, которые могут пересобираться, менять форму, создавать рой, исчезать и появляться, строить других роботов, ползать змеей, запрыгивать на здания, служить мулами, делать хирургические операции и работать быстрее людей. У них даже есть свой собственный интернет. Соберите все это вместе, приплюсуйте недавние покупки Google и поймете, что мы находимся в разгаре робототехнической революции, которая изменит практически все.

5. Биотопливо

Биотопливо

Представьте себе возможность превратить весь наш мусор во что-нибудь полезное вроде топлива. А нет, погодите, мы уже можем сделать это. Это называется «рекуперация энергии из отходов» — процесс, который, как правило, включает производство электричества или биотоплива (метана, метанола, этанола или синтетического топлива) путем сжигания. Такие города, как Эдмонтон, уже делают это и увеличивают масштабы. В следующем году фабрика по переработке отходов Эдмонтона превратит 100 000 тонн муниципального мусора в 38 миллионов литров биотоплива за год. Более того, их затея может сократить выбросы парниковых газов более чем на 60 % по сравнению с бензином. Это в значительной мере пахнет революцией. Кстати, Швеция импортирует отходы из соседних европейских стран, чтобы питать ими свои энергетические каналы.

6. Генная терапия

Геном

Хотя мы находимся в разгаре биотехнологической революции, наше внимание по-прежнему сосредоточено на таких вещах, как стволовые клетки, тканевая инженерия, картирование генома и новые лекарства. В дискуссиях часто упускают то, что у нас есть возможность залезть в свою собственную ДНК и поменять гены, например. Или добавить лишнюю хромосому — если очень хочется (надеюсь, шутка будет понята). Мы можем заменить плохие гены на хорошие, что позволит нам превентивно лечить заболевания (вроде мышечной дистрофии и кистозного фиброза) без лекарств и скальпеля. В конечном счете, генная терапия может привести к генетическим усовершенствованиям (например, к увеличению объема памяти или интеллекта) и продлению срока жизни.

7. РНК-интерференция

РНК

Открытие РНК-интерференции (RNAi) показалось настолько существенным, что благодаря ему Эндрю Файр и Крэйг К. Мелло выиграли Нобелевскую премию в 2006 году. Подобно генной терапии, РНК-интерференция позволяет биологам манипулировать функциями генов. Сегодня РНК-интерференция используется в тысячах лабораторий. Она стала незаменимым инструментом исследования (для создания культуры новых клеток), вдохновила на создание новых алгоритмов в вычислительной биологии и обладает огромным потенциалом для лечения таких болезней, как рак и Лу Герига.

8. Органическая электроника

Органическая электроника

Обычно мы считаем киборгами тех, у кого природные органические части заменены механическими устройствами или протезами. Понятие получеловека-полумашины прочно укоренилось в нашем мышлении, но по большей части некорректно. Благодаря расцвету зарождающейся области органической электроники, более вероятно, что мы будем переделывать биологическую систему организма и вводить новые органические компоненты. Уже сегодня ученые разработали кибернетическую ткань, которая может чувствовать окружающую среду. Другие исследователи изобрели химические схемы, которые могут передавать нейротрансмиттеры вместо электрических зарядов. И как предположил Марк Ченгизи, люди будущего будут все также использовать все полномочия своего биологического строения.

9. Концентрированный солнечный свет

Концентрированный солнечный свет

Одна из последних инноваций в сфере технологии солнечной энергии берет мир штурмом, хотя мало кто о ней знает вообще. Называется она концентрированной солнечной энергией (concentrated solar power, CSP) и представляет собой крупную систему для извлечения солнечной энергии с зеркал и линз. Она работает путем фокусировки входящего солнечного света в одной области. Результатом является хорошо масштабируемый и эффективный источник энергии. Самое любопытное, что в теории такие системы вполне могли бы решить большую часть мировых проблем с энергией.

продолжение следует...

donmigel_62: (кот - учёный)

У самцов дрозофил нашли нейроны агрессивности

Чтобы самцы плодовых мушек могли лучше управлять своей агрессивностью, природа снабдила их специальными нейронами и особым нейропептидом, которые есть только у самцов и которые отвечают у них за агрессивное поведение.

Теория о врождённой агрессивности особей мужского пола получила ещё одно подтверждение — правда, пока оно касается только самцов дрозофил. На страницах журнала Cell Дэвид Андерсон (David Anderson) и его коллеги из Калифорнийского технологического института (США) описывают специфические нейроны агрессивности, которые им удалось отыскать у «мужчин» этих насекомых.

Довольно просто устроенная нервная система дрозофил позволяет создавать линии мух, у которых можно включать и выключать нейроны определённого типа. Заодно можно следить за динамикой нейропептидов, связанных с тем или иным типом нервных клеток. Исследователи произвели 40 линий таких мух, каждую из которых испытали на агрессивность, повышая активность того или иного типа нейронов. Оказалось, что наиболее резкий ответ был при стимуляции нервных клеток, синтезирующих нейропептид тахикинин (tachykinin, или Tk).

Чтобы завоевать самку, самцы дрозофил должны знать толк в сражениях. (Фото Solvin Zankl.)

Дальнейшие исследования показали, что эти нейроны характерны лишь для самцов. В том, что один пол имеет какие-то нервные клетки, отсутствующие у другого, нет ничего необычного: у тех же дрозофил есть специфические самцовые нейроны, отвечающие за брачный ритуал. Однако для агрессивного поведения такая нейронная специфичность по полу до сих пор ни у кого не наблюдалась.



Изучая эти нейроны, авторы работы обнаружили заодно и ген, от которого зависела степень агрессивности в поведении самцов: чем сильнее он был активен, тем больше получалось нейропептида Tk и тем жёстче вели себя мухи. Если активация клеток накладывалась на гиперактивность этого гена, дрозофилы нападали даже на те цели, которые им положено игнорировать. Для агрессивного поведения нужна обычно какая-то причина — скажем, запах соперника, но «простимулированным» самцам, чтобы начать атаку, никакого запаха не требовалось: они бросались даже на неодушевлённые объекты, сравнимые по размеру с ними самими.

Впрочем, тут было бы точнее говорить о том, что у самцов больше не столько агрессивности, сколько инструментов, чтобы ею управлять. Наличие у них специального гена и специальных нейронов, которые стимулируют буйное поведение, ещё не говорит о том, что агрессивность в них заложена генетически, поскольку она не зависит от одних лишь генов — и сами по себе самцы на неодушевлённые предметы не бросаются. Но можно представить, что некоторые аномалии в поведении вполне могут быть связаны именно с дефектами мужской нейронно-генетической системы контроля агрессивности.

Но, говоря «мужской», мы опять же делаем допущение о том, что такая специфическая нейронно-генетическая система есть у людей, а это пока под вопросом: исследователям предстоит ещё проверять и проверять, есть ли нейроны агрессивности у каких-то других видов животных, кроме плодовых мушек.

Подготовлено по материалам Калифорнийского технологического института.
donmigel_62: (кот - учёный)

HiSeqX Ten: полное исследование генома человека за 1 000 долларов

Генотерапия вступает в новую эру: американская компания Illumina создала комплексную установку, позволяющую радикально снизить стоимость процедуры расшифровки генома.

Компания Illumina представила революционную установку HiSeqX Ten, которая обещает сделать комплексное исследование генома человека по-настоящему массовым явлением. А это означает появление принципиально новых методов борьбы с тяжёлыми заболеваниями и бурное развитие персональной медицины.

Иллюстрация Ann Thomas / Corbis.

Американская Illumina была основана в 1998 году. Компания занимается разработкой и производством комплексных систем анализа генетического разнообразия и биологических функций. Установки Illumina, в частности, применяются для секвенирования, генетического анализа, экспрессии генов и белков, анализа однонуклеотидных полиморфизмов и пр.


Система HiSeqX Ten, по сути, представляет собой сложный секвенсор, состоящий из десяти установок. Работая в комплексе, они, как утверждается, позволяют в течение суток провести полное исследование пяти геномов человека. При этом заявленная стоимость процедуры будет составлять всего $1 000, что совсем не много для подобного анализа. Для сравнения: менее десяти лет назад за это пришлось бы отдать $250 тыс. или больше.

Массив секвенсоров HiSeqX Ten (здесь и ниже изображения производителя).

Понимание того, как определённые гены влияют на развитие заболеваний, позволит выработать более эффективные методы лечения. По сути, HiSeq X Ten открывает возможности для формирования обширной базы данных геномов.

Специалисты считают, что установки Illumina в течение нескольких следующих лет позволят получить такой же объём бесценной информации о генетике человеческих заболеваний, какой был накоплен за всю историю современной медицины. Персонализированный подход к лечению пациентов с тяжёлыми недугами значительно повысит шансы на выздоровление.


HiSeqX Ten в минимальной конфигурации из десяти секвенсоров стоит $10 млн. Таким образом, каждый аппарат оценён в $1 млн. Отмечается, что уже сделано три заказа на приобретение системы: покупателями выступили компания Macrogen, Институт Броада в Кембридже (Массачусетс, США) и Институт медицинских исследований Гарвана (Австралия).

В текущем году, по оценкам Illumina, будет реализовано ещё пять комплексов HiSeqX Ten.

Подготовлено по материалам Illumina.
donmigel_62: (кот - учёный)

Сможет ли компания Omicio, анализирующая ДНК для специалистов, избежать ловушки, в которую угодила 23andMe?



Компания Omicio, занимающаяся разработкой средств для анализа генома, объявила о получении инвестиций. Венчурный фонд Artis Ventures, а также Acadia Woods Partners, Bay City Capital, Buchanan Investments и Casdin Capital, вложили в Omicio $6,8 млн. Средства пойдут на развитие технологической платформы и на маркетинг.

report

Основной продукт Omicio называется Opal и представляет собой облачную платформу для анализа и интерпретации данных генома человека. Opal не конкурирует с широко известным сервисом 23andMe, имеющим схожее назначение, потому что рассчитан на совершенно другую публику. Предполагается, что его будут использовать врачи и медицинские исследователи.


«Клиническая геномика набирает обороты, — говорит основатель Artis Ventures Стюарт Петерсон. — Мы полагаем, что Opal обладает значительными преимуществами по сравнению с конкурентами. Передовые медицинские организации уже используют “большие данные”, генерируемые новым поколением технологий секвенирования ДНК, для того чтобы ещё сильнее оторваться от соперников. Opal показывает себя оптимальной платформой для решения подобных задач».

Сайт компании перечисляет многочисленные возможности Opal, которые будут полезны для исследований в области медицины. Во-первых, использование облачного продукта позволяет избежать расходов на инфраструктуру и уход за ней, которые, если учесть масштабы данных в биоинформатике, могут запросто достигнуть катастрофической величины. Во-вторых, с помощью Opal можно создавать и сохранять для повторного использования фильтры, помогающие ускорить многократно повторяющиеся элементы анализа. В-третьих, сервис обеспечивает совместную работу над проектами множества партнёров и позволяет быстро отыскивать научную литературу, связанную с выделенными фрагментами генома.

В основе Opal лежит система, которая быстро отыскивает и идентифицирует фрагменты генома, способные указывать на предрасположенность пациента к определённым заболеваниям. Попутно она оценивает достоверность результатов, которая в такой молодой области знаний зачастую оставляет желать лучшего.

about

Неуверенность в точности результатов уже подвела компанию 23andMe, которая много лет предоставляла самый доступный сервис по анализу и интерпретации генома. За сотню долларов 23andMe анализировала часть предоставленного ДНК и выявляла в нём подозрительные участки. Предполагалось, что сервис послужит своего рода системой раннего оповещения о болезнях: обычные люди будут анализировать свой геном — и если тест выявил предрасположенность к каким-либо болезням, то обращаться к медикам для профессионального обследования. Ложная тревога возможна, но в таких вопросах лучше перебдеть, чем недобдеть.

Однако с точки зрения FDA, американской государственной организации, занимающейся контролем качества продуктов питания и лекарственных препаратов, неопределённости быть не должно. В минувшем декабре FDA вынудила 23andMe прекратить интерпретацию результатов расшифровки ДНК до тех пор, пока достоверность получаемых результатов не будет испытана и подтверждена. Поскольку 23andMe анализирует тысячи признаков и каждый из них нужно испытать и подтвердить по отдельности, это куда более сложная задача, чем может показаться.

Сервис Omicio имеет много общего с 23andMe, но предназначен для профессионалов, что делает его ещё более уязвимым для регулирующих органов. По крайней мере сервис 23andMe был ориентирован на заинтересованных любителей, то есть, по сути дела, представлял собой хоть и полезную, но всё же игрушку. Он не предназначался для использования в ситуациях, от которых зависит жизнь или смерть. А вот Opal претендует именно на эту роль, и в необходимости его доскональной проверки не усомнятся даже те, кто полагает, что к 23andMe придрались напрасно.

Похоже, эта угроза не пугает инвесторов Omicio. Быть может, они полагают, что величина ставок делает риск оправданным? Что ж, им виднее.

Олег Парамонов

donmigel_62: (кот - учёный)

Здоровые клетки подавляют активность онкогенного белка KRas


Деление клеток злокачественного новообразования шейки матки.
Деление клеток злокачественного новообразования шейки матки.

Специалисты из центра изучения онкологических заболеваний Цинциннати и института проблем злокачественных новообразований при университете Цинциннати выявили новую модель регуляции онкогенного белка KRas. Результаты работы учёных могут оказаться полезными для создания более эффективных методов лечения пациентов, несущих мутантные формы данного белка.

По словам Ацуо Сасаки (Atsuo Sasaki, ведущий автор исследования, сотрудник центра изучения онкологических заболеваний Цинциннати, института проблем злокачественных новообразований при университете Цинциннати, центра изучения опухолей головного мозга университета Цинциннати), точное фармакологическое воздействие на белок KRas как метод противораковой терапии — это сложная задача.





«Мутация гена KRas — это обязательный шаг в развитии многих онкологических заболеваний. К слову, мутации KRas присутствуют у более 90% пациентов, у которых выявляется рак поджелудочной железы. Результаты других исследований показывают, что при раке лёгкого и колоректальном раке так же наиболее часто встречаются мутации в данном гене» — говорит Ацуо Сасаки.



«Учёные, работающие в образовательных учреждениях и на производстве, на протяжении многих лет безуспешно пытаются научиться воздействовать на KRas фармацевтическим путём. В рамках проведённого исследования мы использовали уникальный подход» — уточняют авторы. По их словам, чтобы изучить сигнальную активность Ras и регуляцию KRas, было решено использовать специальную модельную систему (social amoeboid).


Учёные ввели онкоген KRas в используемую модельную систему и сравнили его регуляцию с нормальной.



«Мы обнаружили, что клетки обладают специальной системой распознавания и элиминации онкогенного белка KRas — говорит Ацуо Сасаки. По его словам, данная система обеспечивает убиквитинилирование онкогенного KRas, то есть, его уничтожение.


Авторы проведённого исследования считают, что с помощью полученных данных можно увеличить степень подавления мутантных форм KRas в клетках злокачественных новообразований. С течением времени они надеются создать эффективный метод лечения онкологических заболеваний, связанных с мутациями в гене KRas.

Более подробное описание результатов проведённого исследования можно найти на страницах Journal of Biological Chemistry.

donmigel_62: (кот - учёный)

Новый алгоритм находит гены старения





Новый алгоритм находит гены старения

Ученые разработали компьютерный алгоритм, который может находить гены, ответственные за старение организма. Отключение этих генов поможет существенно продлить жизнь.




Компьютерный алгоритм, разработан исследователями из Тель-Авивского университета. Докторант Керен Ицхак (Keren Yizhak) из лаборатории профессора Эйтана Руппина (Eytan Ruppin) и ее коллеги сосредоточили внимание на наиболее изученном явлении, позволяющем продлить жизнь: ограничении калорий.

Ограничение потребления калорий является одним из немногих проверенных способов борьбы со старением. Хотя основной механизм этого явления пока неизвестен, эффективность ограничения калорий была доказана многими лабораториями в опытах на мухах, дрожжах, червях, обезьянах и людях.


Новый компьютерный алгоритм способен выделить гены, отключение которых может создать такой же омолаживающий эффект. Ученые считают, что это поможет разработать новые препараты для лечения старения, а в будущем, возможно, генной терапии, которая продлит активную жизнь человека минимум в несколько раз.


Новый компьютерный алгоритм способен отыскать гены старения, отключение которых может омолодить организм. Эксперименты на дрожжах дают обнадеживающие результаты: отключение ранее неизвестных генов GRE3 и ADH2 существенно продляет жизнь дрожжей

«Большинство аналогичных компьютерных алгоритмов пытаются найти цели для лекарств, убивающих раковые клетки или бактериальные инфекции, - рассказывает Керен Ицхак. - Наш алгоритм является первым, который будет искать препараты, не убивающие старые и больные клетки, а превращающие их в молодые и здоровые».

Лаборатория Эйтана Руппина является лидером в активно развивающейся области генетического метаболического моделирования. Эта область науки пытается использовать математические уравнения и компьютерные вычисления, чтобы описать процесс обмена веществ и поддержания жизни отдельных живых клеток и всего организма в целом. Сложные компьютерные модели, которые еще 20 лет назад считались фантастикой, сегодня позволяют воспроизводить сложнейшие природные процессы и ставить виртуальные опыты.

Алгоритм Керен Ицхак, названный метаболический алгоритм преобразования или MTA , может анализировать информацию о любых двух метаболических состояниях и прогнозировать генетические изменения, необходимые для перехода из одного состояния в другое.

Работоспособность нового алгоритма доказана в серии лабораторных экспериментов. В частности алгоритм MTA смог обнаружить гены, отключение которых способно омолаживать дрожжевые клетки. Как известно, дрожжи являются наиболее широко используемой генетической моделью, поскольку большая часть ДНК этого организма присутствует и в геноме человека.

На дрожжах МТА работает очень хорошо. Некоторые из обнаруженных МТА генов уже были известны тем, что их выключение может продлить срок жизни дрожжей. Также были найдены два новых гена, GRE3 и ADH2, отключение которых вызывает повышенные уровни оксидативного стресса аналогичные тем, что получаются путем ограничения калорий. Таким образом, выключение генов GRE3 и ADH2 значительно продлевает жизнь дрожжей без каких-либо побочных эффектов.

Ученые надеются, что новый компьютерный алгоритм поможет обнаружить гены старения и в организме человека, а также сможет найти лекарства для лечения различных нарушений обмена веществ, включая препараты для лечения диабета, рака, ожирения, нейродегенеративных расстройств.

donmigel_62: (кот - учёный)

Мертвые души

Международная группа исследователей под руководством известного датского специалиста Эске Виллерслева опубликовала исследование, которое может перевернуть наше представление о сразу нескольких областях биологической науки. Группе Виллерслева удался простейший, но потрясающий воображение эксперимент. Они взяли кость мамонта возрастом в 43 тысячи лет, выделили из неё полуразложившиеся остатки ДНК и смешали с бактериями, после чего проанализировали их геном. Выяснилось, что фрагменты генов мамонта были подхвачены бактериями и встроены в их собственную ДНК. Природа информации в живых системах, эволюция ранних организмов, наследственность и изменчивость бактерий – похоже, на всё это придётся взглянуть по-новому.



Профессор Эске Виллерслев (Eske Willerslev) является
одним из самых известных в мире специалистов по древней ДНК.

http://geogenetics.ku.dk/staff/beskrivelse/?id=26558

Природа примитивности

В массовом сознании существует представление о человеке как вершине эволюции – так рисуются эволюционные деревья, по такой логике ведётся курс биологии в школах и университетах. Исходя из этой парадигмы, бактерии – самые примитивные живые существа на планете.


Они в подавляющем большинстве случаев строго одноклеточные, у них нет ядра, хромосом и ещё тысячи других «наворотов», которыми обладает клетка растения, гриба или животного. Иллюзии о примитивности бактерии очень легко поддаться.

Весь живой мир делится биологами на три крупные эволюционные и систематические группы, или домены:


  • бактерии,

  • археи,

  • эукариоты.

К эукариотам относится всё, что мы обычно представляем, когда говорим о живых организмах – от амёб и водорослей до животных и высших растений.
Эукариоты с их крупными клетками, ядрами, сложными механизмами деления и полового размножения действительно кажутся «передовыми» по сравнению с бактериями и внешне похожими на них археями. Но есть ли основания для такого «эукариотического гонора»?

Бактерии живут на планете большую часть времени её существования. По сравнению с ними, животные и растения – самые настоящие младенцы. Бактерии проникают всюду, где только возможно поддержание жизни. Они могут существовать в кипящей воде и концентрированной кислоте.

Точно оценить биомассу бактерий практически невозможно, но по современным оценкам многих специалистов, она превышает таковую животных и растений. Задумайтесь о масштабах сибирской тайги и оцените, насколько потрясает воображение даже сама идея о сопоставимости бактериальной биомассы со всеми лесами мира.

Другая генетика


Наконец, по многим параметрам бактериальная генетика гораздо совершеннее нашей. Генетика, то есть наука о наследственности и изменчивости, изучает, в сущности, передачу и хранение живыми организмами наследственной информации.

Если генетика животных в плане передачи информации – это грузовой поезд, то генетика бактерий – это широкополосный интернет. Чтобы передать огромный багаж эукариотического генома от одного организма другому, надо прибегать к сложнейшим ухищрениям. В случае с высшими животными, к которым относимся и мы, к этому добавляются недели и месяцы эмбриогенеза, когда генетическая информация медленно и осторожно «распаковывается» и тонко настраивается в каждом органе и каждой ткани.

Бактерии не нужны такие сложности.


  • С одной стороны, минимальные потребности и простейшая (по сравнению с эукариотами) организация означают, что и размножение бактерий происходит несопоставимо быстрее.

  • С другой стороны, бактерия не дорожит собственной жизнью. У неё отсутствует инстинкт самосохранения.

Эукариоты проверяют и перепроверяют каждый нуклеотид, чтобы ни в коем случае не допустить ошибок и перестроек – с переменным успехом, конечно.

Изменчивость нужна и им, но она по возможности строго контролируется. Бактериям же перестройки, мутации и вообще любые способы каким-то образом (пусть даже случайным) изменить свой геном – на руку. Пусть большинство таких изменений окажутся непродуктивными, но в отдельных удачных случаях польза для популяции будет огромной. Можно провести аналогию со взломом паролей брутфорс-методом – иначе говоря, простым перебором вариантов.

Бактерии поступают именно так: они берут скоростью и количеством и в итоге крайне эффективны во «взломе» любой генетической проблемы: например, именно таким образом формируется устойчивость к антибиотикам.
Ещё одна сногсшибательная способность бактерий – это горизонтальный перенос генов. Представьте, что вы плохо переносите алкоголь, но очень не хотите обижать потенциального тестя, который ранжирует женихов дочери по устойчивости к опьянению. Если бы вы были бактерией, то проблемы бы не было: ваш друг бы просто передал вам ген алкогольдегидрогеназы, и вам бы не пришлось искать отговорок.

Тот же механизм действовал бы и для менее важных вещей, вроде фенилкетонурии или гемофилии. Это и называется горизонтальным (в противоположность вертикальному – из поколения в поколение) переносом генов.

Новая жизнь мамонта

Открытие скандинавских учёных включает в себя элементы обоих описанных генетических механизмов: мутационной изменчивости и горизонтального переноса генов. Если о способности бактерий «встраивать» целые гены, полученные от других бактерий, было известно давно, то о том, что происходит с гораздо более мелкими фрагментами ДНК, исследователи до сих пор не знали. Отчасти это объясняется сложностью наблюдения за такими маленькими участками: чем меньше фрагмент, тем сложнее определить его источник. Именно по этой причине учёные решили использовать ДНК мамонта. Во-первых, за сорок пять тысяч лет она сильно деградировала и в основном представляла собой небольшие фрагменты с разрывами и случайными химическими модификациями. Во-вторых, ДНК мамонта довольно сильно отличается от ДНК человека и других потенциальных загрязнителей эксперимента, что позволяет исключить ложные результаты.

Выяснилось, что бактерии действительно умеют встраивать в свой геном очень мелкие участки ДНК, причём делают они это с ещё большей лёгкостью, чем обычный горизонтальный перенос генов. Но если встраиваемые участки настолько короткие (значительно короче целых генов), то какую ценность они могут представлять для бактерии?

Дело в том, что обычные мутации – случайные замены нуклеотидов в ДНК – имеют довольно низкую вероятность. Соответственно, вероятность, например, одновременной двойной замены в одном отдельно взятом гене – практически нулевая. Встраивание же небольших фрагментов ДНК – мутагенный механизм гораздо большей «мощности».

Он на много порядков повышает вероятность изменений, захватывающих не один нуклеотид, а целые участки генов.

Вопросы жизни и смерти

Открытие группы Виллерслева может показаться забавным курьёзом, но на самом деле оно имеет целый ряд фундаментальных следствий.

С практической точки зрения, оно прежде всего имеет значение в контексте устойчивости бактерий к антибиотикам. Для приобретения бактерией такой устойчивости зачастую достаточно нескольких точечных мутаций в тех или иных участках генов.

На данный момент вся наша борьба с этой серьёзнейшей проблемой сводится к уничтожению живых переносчиков «генов устойчивости». Мы предполагаем, что если уничтожить бактериальную клетку, то её гены теряют способность как-то воздействовать на другие бактерии.

Теперь нам известно, что это далеко не так: мало того, что бактерии могут «усваивать» ДНК из «мёртвых» источников (куда уж мертвее мамонта!), оказывается, даже целостность этой ДНК – не проблема. Достаточно обрывка генетической информации, содержащего нужную мутацию – и устойчивость к антибиотикам может вернуться в живую клетку!

С другой стороны, исследование скандинавских учёных заставляет в принципе задуматься о природе информации в биологических системах. Уже горизонтальный перенос генов («от друга к другу» вместо «от отца к сыну») сильно затрудняет биологическую систематику. Чего уж говорить о переносе информации от мёртвых к живым! Получается, что мегатонны оседающей в реках и океанах «мёртвой» ДНК – на самом деле огромная база «информационного сырья», которое бактерии могут «воскрешать» и перерабатывать для собственных целей.

Если генетическая информация – пусть и в виде отдельных обломков и мелких фрагментов «кода» – может заново использоваться через сорок тысяч лет после смерти её носителя, то не ставит ли это под сомнение понятие смерти как таковое? Возможно, и ваши гены когда-нибудь будут переработаны и усвоены бактериями. Непонятно только, как они смогут научить бактерию чему-нибудь, чего она не умеет делать и без нас.



donmigel_62: (кот - учёный)
Оригинал взят у [livejournal.com profile] kodusass в О продлении жизни
О факторах, влияющих на продолжительность жизни, на сегодняшний день раздобыто много информации иисследования продолжаются в нарастающем темпе. Однин из стимулов - новые технологии в генетике. И вот одно из исследований.

 "Каковы пределы продолжительности жизни? Новое исследование на простых животных показало, что сочетание нескольких мутаций приводит к ее радикальному увеличению." Вот на вопрос то о пределе продолжительности жизни они и не отвечают, но тем не менее....
 Ученые из Исследовательского института старения Бака (Buck Institute for Research on Aging) провели ряд экспериментов на круглых червях C. elegans с мутациями в двух молекулярных путях, известных своим влиянием на продолжительность жизни, и сообщают о ее синергичном пятикратном увеличении.
 Изученные учеными мутации ингибирует ключевые молекулы, участвующие в сигналинге инсулина и сигнальном пути TOR (Target of Rapamycin). У червей одиночные мутации в пути TOR (в данном случае, подавление RSKS-1), приводят к увеличению продолжительности жизни на 30%. В то же время, мутации в сигналинге инсулин/IGF-1 (инсулиноподобный фактор роста 1) (в данном случае подавление Daf-2 – рецептора IGF-1) приводят к ее удвоению. Сложенные вместе эти эффекты, казалось бы, предполагают увеличение продолжительности жизни на 130 процентов. «Вместо этого мы видим синергичное увеличение продолжительности жизни в пять раз», - говорит руководителя исследования доктор Панкай Капахи (Pankaj Kapahi). «Эти две мутации инициируют образование положительной обратной связи в определенных тканях, что и увеличивает продолжительность жизни. По существу, по человеческим меркам такие черви живут 400-500 лет».

Read more... )

Любопытные по теме старения могут прочитать и
Необычное старение эмбриональных клеток может объяснить природу старения как такового

 Посмотрите Топ 10 долгоживущих животных Наша мечта - описанная по ссылке медуза под названием Turritopsis nutricula. Эти медузы рождаются и растут как любое другое животное, но когда они достигают определённого возраста, они могут вернуться обратно к стадии полипа и начать взрослеть заново. В человеческом эквиваленте это было бы, примерно, как если бы 50-летний человек вернулся к состоянию младенца. Это означает, что эти медузы потенциально бессмертны.
donmigel_62: (кот - учёный)

Расплетатель генома за работой

Российские ученые изучили вирус артрита лошадей — родственника коронавируса MERS, — что поможет понять эволюцию жизни




Наши знания о вирусах рудиментарны, говорит специалист
Фотография: iStockPhoto

Вирус артрита лошадей, отдаленные родственники которого вызывают респираторные заболевания человека, изучен биологами из России, Нидерландов и Китая. Это знание важно для понимания развития жизни на Земле, а также для разработки новых противовирусных лекарств.

Статья Александра Горбалени, сотрудника факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова и Медицинского центра Лейденского университета в Нидерландах, и его коллег опубликована в журнале Nucleic Acids Research. Биологи изучали фермент хеликазу артеривируса. Хеликазы играют очень важную роль в жизненном цикле как клеток, так и вирусов, обеспечивая расплетание двух цепочек молекулы нуклеиновых кислот (ДНК, РНК).

«Хеликазы — это ферменты, которые переводят двуцепочечную форму нуклеиновых кислот в одноцепочечную, — поясняет Александр Горбаленя. — Например, двухцепочечная ДНК, будучи формой хранения генетической информации, содержит две копии этой информации. Если вы знаете одну цепочку, то вы можете восстановить другую цепочку по принципу комплементарности . Это матричный процесс, как в типографии. У большинства клеточных организмов две копии сохраняются физически вместе, что повышает надежность хранения. Но в такой форме информация закрыта, неактивна.


Двуцепочечная ДНК — это закрытая книга. Чтобы ее открыть и начать читать, надо эти копии расплести. За это и отвечают хеликазы».

Геном артеривирусов состоит из одноцепочечной РНК. Однако хеликаза нужна и вирусам, так как их РНК реплицируется и строит на матрице вторую цепочку. Двухцепочечная РНК имеется в клетке, она только не пакуется в вирионы. Но и ее кто-то должен расплетать, как объясняет Горбаленя.

Изучавшийся генетиками артеривирус принадлежит к большому отделу нидовирусов. К этому же отделу относятся гораздо более широко известные коронавирусы , названные так за вирион в форме солнечной короны, наблюдающейся во время затмений. Коронавирусами, в частности, являются вирус атипичной пневмонии человека SARS-коронавирус (эпидемия 2003 года) и возбудитель ближневосточной респираторной инфекции человека MERS-коронавирус, эпидемия которого продолжается на Ближнем Востоке с прошлого года.

Для большинства людей вирусы ассоциируются исключительно с болезнями. Однако вирусологи строят эволюционные деревья вирусов исходя не из заболеваний, ими вызываемыми, а из сходства вирусных геномов. «Одни и те же болезни могут быть вызваны совершенно разными вирусами, не имеющими ничего общего между собой, — говорит Александр Горбаленя. —

Они могут различаться настолько, насколько различаются между собой Е. coli и человек».

По его словам, наши знания о вирусах рудиментарны.

Коронавирусы, артеривирусы и другие группы нидовирусов привлекают внимание биологов тем, что у них очень большой РНК-геном. Также они интересны потому, что сегодня уже почти никто не сомневается: мир РНК возник на планете до мира ДНК.

Ученые полагают, что изучение РНК-генома вирусов поможет понять, как возникла и развивалась жизнь на ранних этапах эволюции.

В своих исследованиях биологи впервые показали, как регулируется работа вирусной хеликазы на молекулярном уровне. Они провели рентгеноструктурный и другие анализы хеликазы и описали пространственную структуру фермента, включая его регуляторную часть, содержащую несколько атомов цинка. Авторы использовали программное обеспечение для анализа вирусных геномов, разработанное учеными из МГУ. Они пришли к выводу, что хеликаза артеривируса структурно похожа на клеточные хеликазы, которые участвуют в обеспечении контроля качества матричных РНК. И предположили, что нидовирусы могут использовать хеликазу для отбраковки дефектных РНК-геномов.

«Знание, которое было нами получено, имеет отношение к пониманию фундаментальных вопросов молекулярной биологии вирусов и клетки, — подытоживает Александр Горбаленя. — Мы также надеемся, что наши результаты будут стимулировать разработку противовирусных препаратов, поскольку вирусные ферменты являются излюбленными мишенями для антивирусных лекарств. Например, терапия против ВИЧ основана на использовании таких лекарств. Однако путь от пространственной структуры фермента до практических результатов, как правило, очень долгий».

Материал подготовлен отделом науки «Газеты.Ru» и МГУ в рамках сотрудничества с Фестивалем науки

donmigel_62: (кот - учёный)
Оригинал взят у [livejournal.com profile] macroevolution в Неандерталка из Денисовой
В 11-ом слое Денисовой пещеры, кроме фаланги мизинца девочки (давшего полный ядерный и мт-геном денисовского человека) и зуба (еще один денисовский мт-геном) в 2010 году нашли проксимальную фалангу пальца ноги - очень массивную, сочетающую признаки неандертальцев и архаичных сапиенсов из пещеры Схул (см. об этой фаланге.). Она была найдена в самой нижней части слоя, поэтому она может быть более древней, чем первые две находки.

И вот из этой фаланги пальца ноги Паабо и его команда сумели тоже извлечь полный ядерный геном (Prüfer et al., 2013. The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains). Стоило бы написать об этом полноценную новость для "Элементов", но не получится, поэтому пишу здесь - очень конспективно, чисто чтобы не забыть и иметь ссылки под рукой.

Read more... )
donmigel_62: (кот - учёный)

Лори Гаррет Революция в области синтетической биологии: перспективы и риски.
часть вторая.

Первая часть - http://donmigel-62.livejournal.com/117568.html

Я считаю, что дети – наше будущее

Те, кто высказывается в пользу того, чтобы не препятствовать быстро развивающимся исследованиям в области синтетической биологии, таких, например, как эксперименты Дрю Энди из Стэнфордского университета и Тодда Куйкена из Международного центра поддержки ученых Вудро Вильсона (последний является одним из лидеров ширящегося самостийного международного движения в области биологии), настаивают на том, что внимание нужно уделять не только угрозам, исходящим от синтетической биологии, но и открывающимся перспективам. По мнению Энди, доля генной инженерии и синтетической биологии в экономике США уже равна двум процентам, причем данный сектор растет на 12 процентов ежегодно. Возглавляемая им кафедра биоинженерии Стэнфордского университета ежегодно получает бюджетное финансирование в размере полумиллиарда долларов. Энди предсказывает, что синтетическая биология в ближайшем будущем породит экономический и технологический бум, как в самом начале нынешнего века это сделали Интернет и социальные медиатехнологии.

Многие студенты-биологи в наше время считают, что генная инженерия существующих в природе форм жизни и создающая новые – это передний край биологии. На ярмарках научных проектов и во время проведения экспериментов студентам некогда задумываться о сущности исследований двойного назначения, они слишком торопятся попасть в будущее. В 2004 году в Массачусетском технологическом институте стартовали Международные соревнования по синтетической биологии (IGEM), на которых студенческие команды соревновались в конструировании новых форм жизни. А недавно к участию в этом конкурсе решено допустить и школьников. В прошлом году к участию в конкурсе были допущены более 190 заявок от молодых исследователей из 34 стран. То, что кажется предыдущим поколениям фантастикой, для молодежи становится повседневностью.


За несколько прошедших лет исследования в области синтетической биологии относительно удешевились и упростились. В 2003 году в рамках проекта “Геном человека” было завершено первое полное секвенирование ДНК человека. Стоимость проекта составила несколько миллиардов долларов, при этом в проекте участвовали тысячи ученых и техников из более 160 лабораторий, продолжительность проекта – более десяти лет. А уже десять лет спустя стало возможным купить секвенатор, выложив за него всего несколько тысяч долларов, и провести секвенирование генома в домашних условиях менее чем за 24 часа. Еще меньше понадобится времени частным компаниям для расшифровки генома на коммерческих условиях, причем цены на эту услугу продолжают снижаться, затраты упали настолько, что оборудование для секвенирования уже стало не выгодно размещать в развитых странах, и в результате значительную его часть перебазировали в Китай. В огромных лабораториях под Пекином, Шанхаем и Шэньчжэнем автоматизированные секвенаторы сейчас вовсю расшифровывают ДНК, а объемы информации, загружаемой ежемесячно в базы данных, намного превосходит весь суммарный ее объем, накопленный с 1953 года, когда Дж. Уотсон и Ф. Крик открыли ДНК, по 2003 год, когда Вентер синтезировал геном phi-X174.


                  геном phi-X174

Чтобы понять, чем занимается современная синтетическая биология, обратимся к примеру. Вот, скажем, перед нами стоит такая задача: как обнаружить мышьяк, содержащийся в загрязненных месторождениях грунтовых вод? А теперь представьте, что можно будет создавать безвредные бактерии, которые начнут светиться в воде, загрязненной мышьяком, – как вам такая идея? Нет-нет, таких существ в природе нет, но есть же существа которые люминесцируют (светлячки и некоторые виды рыб). В некоторых случаях эти организмы светятся только когда спариваются или чувствуют угрозу – это своеобразные биологические переключатели. Существуют также и другие микроорганизмы, которые могут реагировать на присутствие мышьяка. К тому же существует бесчисленное множество безвредных для человека бактерий, с которыми можно спокойно проводить эксперименты.

Итак, нам требуется существо с нужными свойствами, для этого необходимо установить программу на своем ноутбуке и, подключившись к коммерческим базам данных, найти требуемые части ДНК, отвечающие за люминесценцию и за реакцию на мышьяк. После чего заказчику остается только купить эти безвредные бактерии. Затем вы просто должны вставить полученный код в ДНК бактерии, а потом убедиться в том, что с бактерии живы и способны себя самовоспроизводить. Теперь осталось только взять загрязненную мышьяком бутылку воды, добавить туда несколько искусственных бактерий и встряхнуть ее: если вода начнет светиться, значит, мышьяк обнаружен. (Здесь мы в сжатом виде описали опыты, которые на самом были деле проведены командой из Университета Эдинбурга на Международных соревнованиях по синтетической биологии (IGEM) в 2006 году). Самая сложная часть задачи заключается в том, чтобы вставить фрагменты ДНК в последовательность, но скоро и эта задача перестанет быть трудной. В области биосинтеза все больше используется 3-D печать. Теперь ученые могут загрузить нуклеотиды в 3-D “биопринтер”, генерирующий геномы. К тому же возможна научная кооперация на глобальном уровне. Скажем, одна команда ученых проектирует генетическую последовательность на компьютере в одной части земного шара и отправляют данный код на принтер, расположенный где-нибудь в другой точке Земли у совсем другого пользователя, подключенного к интернету. Но полученный код может быть использован как в благих целях, например, для создания лекарства или вакцины, так и в преступных. В последнем случае, представьте, что окажется возможным превратить вирус phi-X174, с которым Вентер работал десять лет назад, в микроорганизм, убивающий клетки человеческого организма, или изготовить какие-нибудь опасные бактерии, устойчивые к антибиотикам, а то и вовсе создать новый штамм вируса.

Информацию, пожалуйста!

По мнению экспертов в области национальной безопасности и правоохранительной деятельности, внимательно наблюдающих за биологической революцией, на первый план выходит следующая проблема – информация. С одной стороны, практически все ныне действующее законодательство в этой области, как отдельных стран, так и международное, определяет правовой режим операций с патогенными микроорганизмами (например, с вирусом Эбола) и осуществляет их мониторинг, однако отследить всю информацию практически невозможно. Информацию о генетическом коде можно спрятать где хочешь, например, боевики Аль-Каиды скрыли инструкции по осуществлению террористических актов внутри порнокассет, а с помощью невинных твит-сообщений можно перенаправить получателя в какую-нибудь нелегальную область интернета, где хранятся геномные коды, всегда готовые к загрузке на 3-D принтере. Получается, что совсем неожиданно проблема биологии стала вдруг проблемой информационной безопасности.

В феврале 2013 года на второй саммит ВОЗ, посвященный исследованиям двойного назначения (DURC), около трети ученых и правительственных чиновников прибыли из Соединенных Штатов. Они представляли не менее 15 различных организаций вроде ФБР, Центра по контролю и профилактике болезней, Министерство обороны и Управление торгового представителя США. Хотя на саммите были представлены и остальные страны, все же сигнал, посланный администрацией Обамы, был ясным и недвусмысленным – обеспокоенность.

Каждая страна-участница Конвенции о биологическом оружии должна наделить полномочиями одну из своих организаций, обязав ее нести ответственность за обеспечение соблюдения положений конвенции. С американской стороны такой организацией является ФБР, которая взаимодействует с научным сообществом и пытается выявлять исследования двойного назначения (DURC). Правда, небольшой офис ФБР несколько ужался в результате недавно проведенных Конгрессом сокращений бюджета и секвестра. Но, в отличие от биологов, ФБР не обладает таким же опытом и научными знаниями, и поэтому на практике для осуществления контроля ФБР должно полагаться на мнение ученых – а эта ситуация, очевидно, проблематичная.

Другие страны пытались решить проблему контроля исследований DURC другими способами. Например, в Дании существует процедура лицензирования как государственных, так и частных научных исследований. При этом перед выполнением экспериментов исследователи обязаны официально информировать о своих реальных целях, а государственные органы должны сначала проверять, насколько лаборатории и персонал соответствуют требованиям безопасности, и только после этого выдавать лицензии, в которых определяется режим их работы. Некоторые заявки и лицензии получают гриф секретности, обеспечивая тем самым коммерческую тайну в частном секторе. Однако масштабы биологических исследований в стране очень небольшие: в настоящее время всего выдано менее 100 лицензий.

С помощью закона об экспортном контроле правительство Нидерландов стремилось не допустить публикации работы Фушье, посвященной модификации вируса H5N1, поскольку информация, содержащаяся в этой работе, считается товаром, требующим особого режима распространения. Хотя после первого саммита ВОЗ правительство и сняло запрет на публикацию, некоторое время спустя окружной суд постановил, что работа Фушье нарушает законодательство ЕС. Однако Фушье решил обжаловать решение суда, что, несомненно, серьезно повлияет на характер обмена информацией о подобных исследованиях во всей Европе. Один из выводов, который США извлекли для себя после всем известных утечек информации, заключается в том, что установить надежный контроль над передачей цифровой информации между сторонами может оказаться невозможным, если вовлеченные стороны действуют решительно и изобретательно.

Оценив перспективность биологического конструирования, многие биологи теперь относятся к своей работе в области геномики как к «штрихкодированию». Подобно производителям, которые ставят штрихкоды на товарах, чтобы при сканировании продемонстрировать идентичность продукта и цены, биологи точно так же хотят секвенировать генетические последовательности растений, животных, рыб, птиц и микроорганизмов, существующих в мире, и каждому из этих существ сопоставить свою последовательность ДНК – можно сказать, уникальный для данного вида «штрихкод». И тогда можно будет каждому синтезированному организму и каждому организму, подвергшемуся GOF-мутациям, сопоставить свой «штрихкод». В результате спецслужбы и органы здравоохранения смогут отслеживать перемещение, использование и создание искусственных или измененных организмов. Такой подход уже применяют в отношении генетически модифицированных семян и сельхозпродукции, с таким же успехом его можно использовать для исследований двойного назначения (DURC). При этом право проставления штрихкодов должно закрепляться лишь за исследователями, а не потенциальными террористами. В общем, у данной проблемы нет быстрых и простых технологических решений.



От ВОЗа до Хаджа

В 2013 году на саммите Всемирной организации здравоохранения не удалось достичь каких-либо значимых договоренностей по исследованиям двойного назначения (DURC). ВОЗ, испытывающая финансовые проблемы, не смогла изыскать ресурсы, чтобы выполнить рекомендации, разработанные на саммите. Хуже того, участники саммита даже не смогли заложить общий фундамент под обсуждаемый вопрос, а слаборазвитые страны поняли, что данный вопрос не стоит в числе приоритетных. К тому же африканские представители посетовали на то, что их страны не обладают нужными ресурсами для проведения в жизнь мер, обеспечивающих биологическую безопасность. Как заявил на условиях анонимности некий представитель одной африканской страны,



«именно мы – вот кто на самом деле страдает от всех этих болезней. Именно мы нуждаемся в этих исследованиях, но не можем их проводить. У нас нет средств. У нас нет ресурсов. А теперь, в связи с обеспокоенностью по поводу исследований двойного назначения, наши люди из соображений безопасности не могут попасть в ваши лаборатории, чтобы работать там [в Соединенных Штатах или Европе]. Вольно или невольно, все эти опасения по поводу DURC-исследований нас тормозят».


Крупные развивающиеся страны вроде Бразилии, Китая, Индии и ЮАР на этой трехдневной конференции практически не были заметны. Их интересовал лишь вопрос о том, кто будет выдавать патенты на продукты, созданные в ходе DURC-исследований, они настаивали на необходимости передачи технологий или же нудно рассказывали о том, насколько строго в их странах контролируется исследовательская работа. В частности, китайские делегаты уверяли собравшихся в том, что в Китае предприняты все необходимые меры для обеспечения биологической безопасности. Через два месяца после встречи группа ученых из китайской Национальной проверочной лаборатории по выявлению птичьего гриппа при Харбинском институте ветеринарных исследований использовала GOF-методы для синтезирования 127 форм вируса гриппа, все они основаны на штамме гриппа H5N1 в сочетании с генетическими атрибутами, найденными у десятков других типов гриппа. Китайцы опирались в основном на работы Фушье и Каваоки, несколько их модифицировав. Пять из синтезированных ими искусственных штаммов опаснейшей разновидности гриппа оказались способны заражать морских свинок воздушно-капельным путем, приводя к летальному исходу.

Около десяти лет назад вирусологи разных стран забили тревогу. Им стало известно, что американские ученые решили вставить в вирус оспы специальный ген, благодаря которому раствор, зараженный оспой, окрашивался в зеленый цвет. Инновационное изобретение американских ученых, предназначенное для выявления смертельного вируса, назвали «преступлением против человечности».

И, наоборот, в начале нынешнего года, когда в Китае появился новый тип птичьего гриппа H7N9, вирусологи стали уповать на GOF-исследования, подчеркнув их важность для здравоохранения. После изучения генетической структуры этого вируса, Фушье вместе с Каваокой заявили о его опасности, отметив, что те же самые генетические изменения, которые они внесли в вирус H5N1, уже присутствуют в штамме H7N9. В августе нынешнего года группа Фушье опубликовала результаты экспериментов, которые показали, что вирус H7N9 способен инфицировать хорьков и заражать животных воздушно-капельным путем. Фушье, Каваока и еще 20 других вирусологов призвали к проведению обстоятельной серий GOF-экспериментов с вирусом H7N9, чтобы синтезировать генетическую разновидность гриппа, создав из птичьего гриппа штамм, способный заражать человека воздушно-капельным путем, а это позволит вирусологам лучше подготовиться к борьбе с ним.

Пока власти соответствующих стран, регулирующие подобные исследования в области здравоохранения, обсуждают просьбу ученых провести опыты с вирусом H7N9, другие микроорганизмы также начинают создавать проблемы, которые могут быть решены с использованием GOF методов. В июне 2012 года в Саудовской Аравии, как гром среди ясного неба, появился «ближневосточный респираторный синдром» (MERS), и уже к сентябрю 2013 года от этого вируса пострадали 132 человека, половина из которых погибла. Хотя MERS и напоминает ОРВИ (т.е. «тяжёлый острый респираторный синдром» – SARS), о его происхождении многое по-прежнему неизвестно. Наблюдались многочисленные случаи передачи вируса MERS от человека к человеку, особенно в больницах, дошло до того, что власти Саудовской Аравии подняли тревогу по поводу возможного распространения MERS во всем исламском мире. Заметим, что ни вакцина, ни другое лекарство от MERS на сегодняшний день не найдено. Если будет разрешено проводить эксперименты по определению заражающего воздействия вируса H7N9, то почему бы ученым не попросить такое же разрешение на проведение экспериментов с MERS, чтобы изучить его заразную форму, дабы предотвратить ее распространение, скажем, среди паломников во время хаджа?

Когда в начале 1980-х появился ВИЧ, никто не знал достоверно о том, как именно этот вирус передается. Многие медики полагали, что 99-процентную заболеваемость с летальным исходом можно снизить, если полностью исключить контакт с заразившимися людьми. Во всех школах США запретили появляться ученикам, у которых выявлена положительная реакция на ВИЧ, а большинство спортивных лиг запретили играть зараженным спортсменам (все это происходило до тех пор, пока звезда NBA Мэджик Джонсон официально не заявил о том, что он тоже заражен, в результате чего возникло движение против изоляции ВИЧ-инфицированных людей). Если бы это было технически возможно, может нужно было модифицировать этот вирус, придав ему способность распространяться воздушно-капельным путем или через случайное прикосновение, чтобы потом его изучать?

Что теперь делать?

Ученые и эксперты по безопасности вряд ли придут к согласию по вопросу о рисках, связанных с исследованиями двойного назначения (DURC) в области синтетической биологии. Спустя почти тридцать пять лет после того, как была ликвидирована оспа, все еще бушуют споры – уничтожать или нет последние из оставшихся образцов этого вируса?

Какие выгоды могут принести исследования в синтетической биологии? Трудно сказать. Сторонники считают, что эта область биологии преобразит мир подобно революции в области информационных технологий, однако противники настроены скептически. Боязнь возможных отрицательных последствий DURC-исследований лишь помешает развитию науки. Власти США, например, принялись бы плести огромную бюрократическую паутину, учреждая органы регулирования и надзора, – здесь они несомненно бы преуспели больше остальных стран, но в этом случае американские научные программы затормозились бы, а самые инновационные исследовательские проекты ушли бы в другие государства. Односторонние действия любого правительства обречены на провал.

Это означает следующее: политикам не стоит ожидать, что с самого начала будет полная ясность и полнота информации; им не стоит поспешно налагать ограничения и пренебрегать способностью науки к саморегулированию. Вместо этого политики должны признать, что революция в сфере синтетической биологии будет продолжаться, и поэтому они должны внимательно за ней следить и принимать адекватные меры для предотвращения самых очевидных и реальных рисков, таких как случайные утечки опасных биоорганизмов или же их преднамеренное распространение.

Первым шагом в этом направлении должно стать укрепление органов эпидемиологического надзора на национальном и глобальном уровне. В Соединенных Штатах надзорные институты были ослаблены из-за сокращения бюджета и бюрократических проблем на федеральном уровне, а также на уроне штата и на более низком уровне. Казалось бы, Центры по контролю за заболеваниями и Министерство сельского хозяйства США – это первая линия обороны, призванная защитить людей, растения и скот от микробиологических угроз, но расходы на оба эти учреждения были сокращены по максимуму. С 2010 года бюджет Центров по контролю и профилактике заболеваний уже был сокращен на 25 процентов, а недавно его урезали еще на пять процентов из-за секвестра, в том числе было сокращено финансирование работы 50-ти тысяч государственных, территориальных, городских и окружных инспекторов общественного здравоохранения. Однако, Конгрессу ничего не стоит это финансирование возобновить и предоставить иную помощь этим людям, обеспечивающим функционирование общественного здравоохранения США.

В то же время Центры по контролю за заболеваниями и Министерство сельского хозяйства США должны совершенствовать эффективность своей работы. Наступает эпоха, когда будут появляться новые, доселе неизвестные микроорганизмы, и поэтому здесь не нужно ограничиваться лишь небольшим списком патогенов и ядовитых организмов типа вируса Эбола, сибирской язвы, ботулизма, вселяя в себя ложное чувство безопасности. Теперь, видимо, уже недостаточно, как недавно предложили, включить вирус H5N1 в Национальный реестр особо опасных патогенов (NSAR), в который вносятся опасные возбудители болезней и токсины, теперь уже придется зачислять в неприятели и обычные бактерии типа кишечной палочки, населяющей кишечник каждого человека, ведь и ее теперь могут превратить [с помощью методов синтетической биологии – прим. перев.] в бактерию-убийцу, которая намного может превзойти любой из патогенных микроорганизмов реестра NSAR.

Теперь перед нами стоят такие вопросы:


  • какие микроорганизмы на сегодняшний день нужно отслеживать?

  • Как их обнаруживать?

Решение этих вопросов потребует объединения интеллектуальных сил разных государств и специалистов различных областей. В Соединенных Штатах руководители таких организаций, как Центры по контролю и профилактике заболеваний, ФБР, Министерство здравоохранения и социальных служб, Министерство обороны вместе со спецслужбами должны будут осуществлять сотрудничество, обмениваясь информацией и опытом. На международном уровне многосторонние группы, такие как ВОЗ, продовольственные и сельскохозяйственные организации, должны будут взаимодействовать с агентствами и учреждениями типа Интерпола, Ассоциации государств Юго-Восточной Азии, Панамериканской организации здравоохранения и Африканского союза.

Процесс подписания Конвенции о биологическом оружии может служить основой для многостороннего диалога по исследованиям двойного назначения (DURC). Эта конвенция представляет собой нейтральную платформу, открытую почти для любого государства. Но в настоящее время этот процесс находится в вялотекущей стадии, в рамках данной конвенции пока что нельзя обеспечить контроль, сравнимый с тем, который обеспечивается в рамках системы контроля над ядерным и химическим оружием. Международные институты в настоящее время сталкиваются с проблемами и, по сути, не в состоянии самостоятельно урегулировать вопрос по DURC-исследованиям. Так, например, Всемирная организация здравоохранения уже третий год подряд сталкивается с жесткими бюджетными ограничениями, и поэтому ее размеры и влияние сократились, а также возможности по эпидемиологическому надзору и реагированию снизились.

США и другие страны не могут не быть заинтересованы в том, чтобы установить эффективную систему эпидемиологического надзора и реагирования ВОЗ и действовать в соответствии с положениями Международных медико-санитарных правил. Понятно, что американских инспекторов-эпидемиологов не во всех странах ждут с распростертыми объятиями в отличие, скажем, от представителей ВОЗ. Именно по этой причине Конгресс должен напрямую оказать поддержку системе эпидемиологического надзора и реагирования ВОЗ, выделяя этой организации по 100 млн. долл. ежегодно в течение пяти лет. И чтобы убедить ВОЗ в реальности своих намерений, Вашингтон мог бы дать понять Всемирной ассамблее здравоохранения (руководящий орган ВОЗ), что часть американской финансовой поддержки нужно направить на построение системы эпидемиологического надзора в развивающихся странах, которая бы могла соответствовать Международным медико-санитарным правилам. Если же американские законодатели опасаются, что такая финансовая поддержка ВОЗ превратится вдруг в еще одну многолетнюю расточительную программу финансовой помощи за счет американских налогоплательщиков, тогда можно предложить такой план: Вашингтон начинает финансирование в начале 2014 года и к 2019 году постепенно снижает суммы выплат до нуля, по мере того как другие страны-доноры будут увеличивать свою финансовую помощь, а страны-реципиенты постепенно смогут опираться на свои силы. Кроме того, Конгрессу следует продолжить проект PREDICT, запущенный Агентством США по международному развитию. Задача проекта – выявление новых эпидемиологических угроз. На сегодняшний день в рамках проекта подготовлено 1500 человек по всему миру, а также обнаружено 200 ранее неизвестных вирусов.

Любые глобальные программы по эпидемиологическому надзору потребуют выработки согласованных стандартов, поскольку в настоящее время отсутствуют какие-либо стандарты по биобезопасности лабораторий и по другим вопросам, в частности, по исследованиям неоморфных мутаций (GOF) и исследованиям двойного назначения (DURC). Для согласования и уточнения стандартов, а также ради содействия их распространению, ключевые агентства США должны работать в тесном сотрудничестве со своими зарубежными коллегами. За образец можно взять Пищевой кодекс (Codex Alimentarius), принятый Продовольственной и сельскохозяйственной организацией ООН и Всемирной организацией здравоохранения в 1963 году и регулирующий глобальную стандартизацию всех правил в области безопасности пищевых продуктов.

В наше время информацию о геноме можно спокойно передавать без всяких пробирок – прямо по электронной почте. Одновременно с этим стало труднее определять четкие границы экспорта и регулировать его. В основе DURC-исследований главной проблемой является, скорее, информация, а не микроорганизмы. Избыточная регламентация информационных потоков тормозит науку и мешает проведению международных исследований. Чтобы справиться с этой проблемой, Министерство торговли США, Департамент животноводства и фитосанитарной инспекции (APHIS) Министерства сельского хозяйства США и Управление торгового представителя США должны создать соответствующую нормативно-правовую базу для регулирования DURC-исследований. При выработке модели регулирования пригодится опыт Международной конвенции по защите растений, APHIS и Управления услуг и инвестиций Торгового представителя США. Если говорить о передаче геномов по Интернету, то здесь многие распределительные центры нуклеотидов уже осуществляют мониторинг “опасных последовательностей”, запрашивают информацию о лицах, которые разыскивают генетические части патогенных микроорганизмов. Эта сфера деятельности должна контролироваться правительствами.

Что же должны искать правительства и прочие учреждения? Их задача – находить свидетельства того, что кто-то нелегально ведет работы по изменению биологических форм жизни, пытаясь сделать из некоего живого существа опасный микроорганизм, а если такие противозаконные исследования ведутся при разрешении и поддержке правительства, то последние считаются нарушителями Конвенции о биологическом оружии. И не хотелось бы, чтобы в этом обвиняли США, поскольку эта страна – мировой лидер по объемам финансирования фундаментальной науки и мировой локомотив, стимулирующий исследования в биологии. Необходимо законодательно потребовать, чтобы данные о любых исследованиях в области биологии обнародовались в обязательном порядке. Госдепартамент США совместно с Управлением глобальной политики при Министерстве здравоохранения и социальных служб должны разработать информационные материалы для дипломатического персонала, в которых бы содержались ответы на вопросы: что такое синтетическая биология, неоморфные мутации (GOF) и исследования двойного назначения (DURC). Таким способом можно будет одновременно поддержать имидж США как передового центра биомедицинских исследований и снять озабоченность по поводу создания искусственных возбудителей. Госдепартамент должен содействовать сотрудничеству по выявлению и контролю в сфере DURC и предотвращению глобального риска несанкционированного распространения синтетических болезнетворных микроорганизмов; необходимо также оказать поддержку программам помощи, направленным на повышение безопасности лабораторий в других странах и усиление контроля за ними.

Выявление новых форм ДНК и новых форм микроорганизмов должно немедленно осуществляться как на добровольной, так и на обязательной основе. Частные биотехнологические компании и дистрибьюторы компонентов ДНК должны в целях биозащиты специальным образом маркировать свою продукцию. Коммерческие операции с геномами должна быть прозрачны и постоянно отслеживаться; в целях мониторинга необходимо предоставлять информацию о нуклеотидных последовательностях. Промышленный сектор, конструирующий геномы, должен за свой счет осуществлять необходимый мониторинг и внедрять стандарты, регулирующие биоинженерную деятельность, а также в случае нарушения правил биобезопасности лабораторий и других форс-мажорных обстоятельств разрешать государственным органам проводить инспекции.

В прошлом году международная сеть организаций по защите окружающей среды «Друзья Земли», Международный центр по оценке технологий и ETC Group совместно опубликовали доклад под названием “Принципы контроля над синтетической биологией”. В докладе рекомендуется внедрять в искусственные организмы (в частности, в те, что были получены в результате неоморфных мутаций) гены, способные приводить к самоуничтожению этих организмов, т.е. имплантировать в них части генома, активирующиеся при некотором изменении окружающей среды, в которой эти организмы существуют, с целью прекращения их функционирования. Хотя на данном этапе такую операцию осуществить сложно технически, тем не менее в ходе DURC-исследований эту задачу нужно все-таки попытаться решить. Три вышеперечисленные организации также призвали промышленные компании самостоятельно выделять средства на покрытие ущерба и страхование при проведении исследований в области синтетической биологии и создании синтетических биопродуктов – что ж, вполне понятные и разумные меры предосторожности. А тем временем Фонд BioBricks, являясь на сегодняшний день самым активным сторонником синтетической биологии, провозглашает свою миссию следующим образом: «гарантировать, чтобы методы инженерии в биологии применялись на основе принципов открытости, этичности и на благо всего человечества и всей нашей планеты…. Мы считаем, что синтетическая биология – это одна из мировых сил добра». Только научные организации вроде BioBricks, которые соблюдают нравственные принципы, способны надежно информировать о ситуации в синтетической биологии, не умалчивая о проблемах, и быстро взаимодействовать с научными кругами, только такие организации имеют право говорить от имени общества, выражая его обеспокоенность, а потому их деятельность должна поощряться и расширяться.

Прошло четыре года, с тех пор как в 2010 году Вентер объявил о том, что его команда создала искусственную форму жизни, назвав ее «первым самовоспроизводящимся биологическим видом на планете, родителем которого является компьютер». За это время уже успели возникнуть противоречия и проблемы, касающиеся исследований двойного назначения (DURC). Перед тем, как группа Вентера решила, подражая Всевышнему, создать искусственный организм, она отправилась в Белый дом на прием к Обаме и проинформировала высших должностных лиц страны о политических и этических вопросах, которые возникают в связи с созданием искусственных форм жизни. Поначалу администрация Обамы подумывала засекретить проект Вентера, обеспокоившись серьезными проблемами, к которым данный проект потенциально может привести. Однако потом, к радости Вентера, Белый дом разрешил публиковать результаты. «Должно быть, на философском уровне произошло какое-то гигантское изменение нашего способа восприятия жизни», – сказал Вентер на пресс-конференции в Вашингтоне, неуверенно пожимая плечами. Но Вентер ничуть не сомневался в том, что синтетическая биология, представляющая собой «очень мощный набор инструментов», приведет к созданию вакцины против гриппа, а, возможно, и против СПИДа. И недалёк тот день, когда микроорганизмы, способные потреблять углекислый газ и выделять энергию, создадут безопасную альтернативу традиционному ископаемому топливу. Теперь, когда синтетическая биология начинает прочно укореняться, наша задача состоит в том, чтобы будущие поколения считали ее скорее благом, чем проклятьем.

Автор: Лори Гаррет
donmigel_62: (кот - учёный)

Лори Гаррет Революция в области синтетической биологии: перспективы и риски.
часть первая.


Craig-Venter1

В мае 2010 года самый богатый и влиятельный человек в мире биотехнологий явил миру еще одно новое создание. Джон Крейг Вентер вместе со специалистами из принадлежащей ему компании начал с ДНК и построил генетическую последовательность нуклеотидов, объем которой превышает один миллион бит информации.

В мае 2010 года самый богатый и влиятельный человек в мире биотехнологий явил миру еще одно новое создание. Джон Крейг Вентер вместе со специалистами из принадлежащей ему компании начал с ДНК и построил генетическую последовательность нуклеотидов, объем которой превышает один миллион бит информации.

Семь лет назад Вентер стал первым в мире ученым, которому удалось создать биологический объект на основе имеющейся генетической информации.

Однажды, просматривая длинную цепочку букв, представляющих собой последовательность ДНК вируса бактериофага phi-X174, Вентер вдруг подумал:«А ведь я смогу на основе этой компьютерной информации собрать реальную ДНК».

Он так и сделал, создав вирус на основе генома phi-X174. Позже ученый использовал тот же самый метод для сборки ДНК более крупного и сложного объекта.


Группа Вентера создала искусственную клетку бактерии, вставив в нее искусственно синтезированную ДНК, после чего ученые стали наблюдать за тем, как клетки бактерии движутся, питаются, и воспроизводят себя.

Своими экспериментами Вентер попытался предостеречь слишком уж забывчивое человечество и показал, что нас всех ожидает. Так, например, в 2009 году в одном из своих интервью он предупредил: «Мы полагаем, раз мы активировали геном, то сам этот факт уже, вероятно, заставит людей изменить представления о живом мире».


Свою новую технологию Вентер назвал «синтетической геномикой», которая «появится сначала в цифровом компьютерном мире на базе цифровой биологии, а затем научится создавать новые модификации ДНК для вполне конкретных целей. … Это может означать, что по мере познания законов существования различных форм жизни, человек сможет создавать самообучающиеся робототехнические и вычислительные системы. …

Cказанное означает наступление новой эры очень быстрого обучения, – продолжил Вентер. – И это не единственный аспект человеческой жизнедеятельности, которая, вполне возможно, полностью изменится благодаря новым технологиям».

Сегодня кое-кто уже называет работу Вентера по созданию новых искусственных бактерий “4-D печатью”. Напомню, что 2-D печать – это самый обычный процесс печати, который начинается после нажатия на клавиатуре клавиши “Print”, в результате чего самый обыкновенный принтер выдает вам распечатанную статью и т.п.

Однако промышленные компании, дизайнерские бюро и другие потребители уже переходят на 3-D печать – в этом случае сигнал подается к устройствам, содержащим всякие материалы типа пластмассы, графита и даже продукты питания, а на выходе мы получаем трехмерные продукты.

В случае 4-D печати добавляются две важные операции: самосборка и самовоспроизведение. Сначала идея формализуется и попадает в компьютер, затем отправляется на 3-D принтер, и на выходе мы получаем конечный продукт, способный себя копировать и трансформировать.

Скайлар Тиббитс (Skylar Tibbits) из Массачусетского технологического института создает при помощи твердых материалов сложные физические вещества, которые он называет “программируемыми материалами, которые выстраивают сами себя”.

Вентер и еще несколько сотен специалистов в области синтетической биологии утверждают, что 4D-печать особенно хорошо подходит для конструирования живых объектов с помощью кирпичиков, из которых состоят сами живые объекты, то есть из ДНК.

После того, как его команда впервые создала геном вируса phi-X174, Вентер решил тщательно разобраться в следующем вопросе: как синтетическая геномика отразится на национальной безопасности страны и повлияет на здоровье граждан. Как предостерегается в докладе, регулировать деятельность в этой новой сфере науки мешают две следующие проблемы.


  • Первая состоит в том, что стоимость работ в области синтетической биологии (или “синбио”) настолько снизилась, а методика проведения упростилась, что теперь их могут проводить даже обычные люди, не получившие никакого фундаментального биологического образования. Именно по этой причине принципы профессиональной этики, профессиональные стандарты и стандарты безопасности в этой новой сфере деятельности будут размываться.

  • Вторая проблема состоит в том, что существующие стандарты, которые в США и других развитых странах в некоторых случаях все же регулируются государственными учреждениями, отстали от жизни, а потому устарели; к тому же многие молодые специалисты с этими стандартами, как правило, не знакомы.

Группа Вентера пришла к выводу, что по мере снижения затрат в области синтетической биологии, интерес к этой сфере будет увеличиваться, причем на передний план будут выходить этические и практические вопросы.

Синтетическая геномика в сочетании с другим прорывным направлением в биологии – так называемыми исследованиями неоморфных мутаций (или как их еще называют мутациями приобретения функции или GOF-исследованиями) – не только открывает огромное количество новых перспектив, но вместе с этим задает множество трудных вопросов и создает угрозы для национальной безопасности.

И в результате научное сообщество уже вовсю принялось обсуждать проблемы, связанные с “искусственной эволюцией”, направляемой человеком, и дотошно изучать всякие эксперименты, в результате которых человек наделяет относительно безвредные бактерии инфицирующими свойствами. А в это же самое время те организации, которым положено заниматься предотвращением глобального биотерроризма и обеспечением биобезопасности, как-то уж очень отстают, они еще не научились правильно классифицировать угрозы и эффективно с ними бороться.

В Соединенных Штатах Конгресс и исполнительная власть тоже пытаются создавать списки известных патогенов и токсинов, а также разрабатывать меры по надзору, контролю и борьбе с ними. Еще больше от них отстали правительства других стран и международные институты, такие как ООН и Конвенция о биологическом оружии. Одним словом, регулирующие меры ориентированы на биологический мир прошлого – а там ученые, как и встарь, продолжают наблюдать за жизнью со стороны, описывая ее элементы и процессы; в ходе экспериментов они изменяют внешние условия, а затем смотрят, что из этого получится. Но в новой биологической науке ученые уже сами получают возможность конструировать жизнь и изучать ее изнутри. Вот что по этому поводу заметил Вентер в 2009 году: “У вас крышу снесет, если вы узнаете о том, каких результатов мы достигли к настоящему моменту”.

Программирование жизни

Вскоре после того, как все узнали об уникальном эксперименте Вентера, Институт медицины при Национальной академии наук собрал группу экспертов, которые должны были разобраться, каким образом новый биологический мир повлияет на этические и научные вопросы, а также на область национальной безопасности.


Эндрю Эллингтон и Джаред Эллефсон из Техасского университета в Остине утверждают, что новое поколение биологов уже занимает новые научные рубежи и начинает смотреть на живые организмы и ДНК точно так же, как в свое время маги хай-тека, создавшие IBM, Cisco и Apple, смотрели на микросхемы и транзисторы.

В каждой из этих двух сфер имеется значительный частный сектор и научный потенциал, обе сферы взаимодействуют друг с другом, объединяются и трансформируются. И вот уже специалисты-компьютерщики начинают говорить о “вычислениях на базе ДНК”, а специалисты в области синтетической биологии уже поговаривают о “живых монтажных платах”. Теперь биолог стал инженером, который программирует новые формы жизни как ему вздумается.

Джеральд Джойс из Исследовательского института Скриппса в Ла-Хойя, Калифорния, обеспокоен тем, что по мере размывания границ между этими областями биологи теперь все больше способны управлять эволюцией, т.е. мы являемся свидетелями “конца дарвинизма”. По замечанию Джойса, “жизнь на Земле продемонстрировала чрезвычайную устойчивость и изобретательность, сумев адаптироваться к самым разнообразным условиям обитания.

Но, пожалуй, самым значительным изобретением, которое придумала жизнь, следует признать генетическую систему – вот уж где поистине нет предела для изобретательности! И в ближайшее время подобного результата синтетические биосистемы, вероятно, достигнуть не смогут.

Однако, как только информационные макромолекулы получат возможность наследовать полезные мутации путем самоподдерживающейся дарвиновской эволюции, они могут начать порождать новые формы жизни”.

Мы не преувеличиваем. Все ключевые барьеры на пути искусственного синтеза вирусов и бактерий преодолены, по крайней мере в экспериментах. В 2002 году ученые Университета штата Нью-Йорк в Стоуни-Брук создали живой вирус полиомиелита на основе его генетического кода. А уже через три года ученые, обеспокоенные пандемией гриппа, решили в исследовательских целях воссоздать смертоносный вирус испанского гриппа (печально знаменитой “испанки”, свирепствовавшей в 1918 году), выявив ключевые элементы вирусных генов, благодаря которым в свое время этот вирус менее чем за два года убил около 50 миллионов человек. Все это привело к тому, что проблема технологий двойного назначения, которая впервые век назад возникла в химии, а через некоторое время коснулась физики, в настоящее время встала и перед биологией.



В свое время, где-то в промежутке между 1894 и 1911 годами, немецкий химик Фриц Габер (Haber) предложил способ массового производства аммиака. Эта работа произвела революцию в сельском хозяйстве, в результате которой появились современные предприятия по производству удобрений. Но та же самая работа Габера помогла создать химическое оружие, использованное германской армией во время Первой мировой войны – выходит, работа Габера привела как к благоприятным, так и к неблагоприятным последствиям. Через три года после того, как Габеру вручили Нобелевскую премию по химии [Габер получил Нобелевскую премию в 1918 году – прим.перев.], его соотечественнику Альберту Эйнштейну дали Нобелевскую премию за вклад в физику.


Эйнштейновская теория относительности и гравитации, связав массу и энергию, не только помогла разгадать тайны Вселенной и проложила путь к использованию ядерной энергии, но также привела к созданию атомной бомбы.

Словом, проблема так называемых исследований двойного назначения, вызывающих опасения (DURC), – тех самых исследовательских работ, которые могут приводить как к благоприятным, так и к опасным и непредсказуемым последствиям, – уже давно проявила себя в химии и физике.

В результате появились международные договоры, призванные ограничивать те физические и химические исследования, которые потенциально способны привести к неблагоприятным последствиям. А вот биологическая наука здесь сильно запоздала, и это при том, что Соединенные Штаты, Советский Союз и многие другие страны продолжали вести разработки такого оружия, но международно-правовых ограничений в данной области было относительно немного. Пока что все это не привело к значительным военным последствиям, поскольку те, кто стремится использовать биологическое оружие, еще не научились быстро распространять патогенные микроорганизмы или же направленно их использовать в отношении конкретных целей. Но вскоре ситуация может измениться.

Обеспокоенность по поводу технологий двойного назначения в биологии стала широко проявляться в течение последних двух лет, поскольку именно в это время стали проводиться GOF-исследования, предназначенные для борьбы с потенциальными патогенами, которых сначала искусственно создавали в лабораторных условиях.

12 сентября 2011 года на Мальте Рон Фушье (Fouchier) из Медицинского центра имени Эразма выступил на конференции, проводимой в рамках Европейской научной рабочей группы по гриппу. Он объявил о том, что нашел способ превратить вирус H5N1, поражающий почти исключительно птиц, в одну его разновидность, способную заражать человека. Как известно, согласно статистике, на тот момент вирусом H5N1 заразились только 565 человек, предположительно, в результате контакта с птицами; из общего числа зараженных умерли 331 человек (59%). Теперь сравним: во время пандемии гриппа 1918 года коэффициент смертности составлял лишь 2,5%, что привело к гибели более чем 50 миллионов человек.

Таким образом, оказывается, что вирус H5N1 потенциально способен привести к катастрофическим последствиям. Хорошо, что в результате мутации не образовалась разновидность вируса, который может легко заражать человека.

Во время конференции на Мальте Фушье заявил, что его группе, финансируемой Национальными институтами здравоохранения США (National Institutes of Health), удалось “создать адскую модификацию из штамма H5N1”, т.е. получить из птичьего гриппа его разновидность, способную заражать хорьков (лабораторных дублеров человека). И затем, добавил Фушье, он сделал “нечто очень и очень глупое”, а именно: ватным тампоном ученый коснулся носа зараженных хорьков и использовал собранные штаммы вируса для заражения другой группы животных; он повторял этот процесс до тех пор, пока не удалось получить модификацию H5N1, способную заражать млекопитающих воздушно-капельным путем.




«Этот вирус очень опасен», – заявил Фушье в интервью журналу “Scientific American”, после чего задал риторический вопрос: «А нужно ли вообще проводить эти эксперименты?» – и сам же ответил утвердительно. По его мнению, такие эксперименты могут помочь с выявлением наиболее опасных из существующих в природе штаммов гриппа, а потом разработать вакцину с нужными характеристиками и предупредить мир о том, что вирус H5N1 вполне вероятно способен передаваться воздушно-капельным путем.



Вскоре после сенсационного заявления Фушье, вирусолог из Висконсинского университета Йошихиро Каваока, также получивший финансирование от Национальных институтов здравоохранения США, сообщил о том, что он также провел подобные эксперименты и тоже получил штамм птичьего гриппа H5N1, который способен заражать хорьков воздушно-капельным путем.

Каваока очень осторожно модифицировал опытный образец штамма H5N1 с тем, чтобы сделать его менее опасным для человека. Оба исследователя проводили свои эксперименты с соблюдением повышенных норм безопасности в соответствии с требованиями по третьему уровню биологической безопасности (BSL-3). Напомним, что всего имеется четыре уровня биологической безопасности, самый нижний – BSL-1, а самый высокий – BSL-4.

Несмотря на меры предосторожности, Фушье и Каваока навлекли на себя гнев многих специалистов по национальной безопасности и экспертов в области здравоохранения, которые требовали ответа на вопрос, чем могло быть оправдано преднамеренное создание штаммов, способных в принципе вызвать пандемию гриппа?

К хору возмущенных голосов присоединился также один мало кому известный консультативный комитет при Национальных институтах здравоохранения США, а именно – Национальная научная консультативная комиссия США по вопросам биологической безопасности (National Science Advisory Board for Biosecurity), которая в 2011–12 годах провела несколько острых по накалу заседаний.

Эта консультативная комиссия первой попыталась смягчить негативные последствия экспериментов со штаммами H5N1 и по этой причине уже в декабре 2011 года запретила публиковать методику создания новых модификаций вируса H5N1, способных заражать млекопитающих. Журналы Science и Nature должны были изъять из текстов статей Фушье и Каваоки те разделы, в которых содержится практическая часть, поскольку некоторые члены консультативной комиссии забеспокоились, что данная информация может послужить в качестве справочного пособия для террористов.

Особое беспокойство проявил член консультативной комиссии и эксперт в области здравоохранения Майкл Остерхольм из Миннесотского университета. Он предупредил, что наступил переломный момент и поэтому ученым необходимо сделать паузу и разработать стратегии, дающие гарантии, что в будущем подобная работа будет проводиться на благо общества с соблюдением норм безопасности.
«Этот вопрос действительно должен рассматриваться многими сторонами на международном уровне, – заявил Остерхольм журналистам. – Грипп фактически сам по себе представляет отдельную большую тему. В отличие от гриппа, множество других возбудителей болезней, с которыми велись эксперименты в рамках четвертого уровня биобезопасности (BSL-4), не дали заразных штаммов. Но я не припомню, чтобы какой-то из возбудителей мог бы так же быстро распространяться по всему миру, как грипп».

Микробиолог Пол Кейм из Университета Северной Аризоны, который председательствовал в Национальной научной консультативной комиссии США по вопросам биологической безопасности, оказал большую помощь ФБР в выявлении преступника, рассылавшего в 2001 году письма, зараженные сибирской язвой. Чтобы определить происхождение спор язвы, помещенных в зараженные конверты и разосланные нескольким офисам СМИ и политическим лидерам, Кейм разработал новые методы генной дактилоскопии. Кейм согласился с мнением Остерхольма по поводу многих проблем общественной безопасности. Теперь, после инцидента с конвертами, зараженными сибирской язвой, биотерроризм вызывает у Кейма наибольшую тревогу.




«Пока мы доподлинно не можем сказать, что в ходе именно этих [экспериментов] было создано средство, способное уничтожить мир. А может, его создадут в ходе последующей серии экспериментов, от которых и будет исходить угроза, – заявил Кейм журналистам. – Вот именно на этом и должна быть сфокусирована общемировая дискуссия».



Таким образом, решение о запрещении публиковать методику создания новых модификаций вируса H5N1, принятое в декабре 2011 года, ничего не решило, и потому четыре месяца спустя консультативная комиссия его отменила. В 2012 году Фушье и Каваоке удалось опубликовать в журналах Science и Nature обе свои работы без купюр, а временный мораторий на эксперименты с вирусом гриппа в рамках исследований двойного назначения был в конце концов снят.

В начале 2013 года Национальные институты здравоохранения издали ряд директив по обеспечению биологической безопасности, санкционирующие исследования в области неоморфных мутаций ортомиксовирусов, но ограничения применяются только в отношении работ по вирусу гриппа. Остерхольм, Кейм и большинство ярых противников таких экспериментов отступили, позволив консультативной комиссии сделать шаг назад в темноту.

Глобальное лечебное средство?

В последние два года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) провела две встречи на высшем уровне в надежде найти глобальное решение следующего вопроса: как поступить с открытым ящиком Пандоры в результате экспериментов со штаммами H5N1? Самая большая проблема с точки зрения ВОЗ состояла в том, чтобы ученые, исследующие штаммы гриппа, не нарушали хрупких межгосударственных соглашений по эпидемиологическому надзору и обмену информацией о вспышках эпидемий – а это очень реальная проблема, учитывая, что на подписание в 2005 году договора о Международных медико-санитарных правилах (этот договор наделяет ВОЗ полномочиями в случае эпидемии и обязывает все государства проводить мониторинг инфекционных заболеваний, а также сообщать о любых вспышках эпидемий) ушло целых четырнадцать лет. К тому же, после своей ратификации данный договор был оспорен некоторыми развивающимися странами, такими как Индонезия.


Джакарта сопротивлялась обмену образцами вирусов на том основании, что по ее мнению западные фармацевтические компании будут стремиться патентовать изделия, полученные из предоставленных штаммов, и, в конечном счете, получат большую прибыль, поскольку станут продавать вакцины и лекарства слаборазвитым государствам по завышенным ценам. Так, например, Индонезия отказалась делиться образцами вируса гриппа H5N1, обнаруженного на территории этой страны. Она выдвинула дикие обвинения в адрес мирового медицинского сообщества в целом, и США в частности. Индонезия даже изгнала переговорщика от США, занимающегося данной темой. В конце концов было выработано специальное соглашение о профилактических мерах по предотвращению пандемий; это соглашение было утверждено на сессии Всемирной ассамблеи здравоохранения (директивного органа ВОЗ) в 2011 году и в настоящее время является составным элементом Международных медико-санитарных правил (ММСП). Но к 2012 году количество государств, которым удалось соответствовать требованиям правил безопасности, мониторинга и проведения научных исследований, не превысило 35.

Глобальным организациям еще предстоит получить и внести в базы данных множество других образцов вируса H5N1 и других опасных патогенов. Эксперты в области здравоохранения опасаются, что пандемия может начаться задолго до того, как власти поймут, с каким вирусом им надо бороться.

ВОЗ проинформировали о том, что в момент свержения режима Мубарака в начале 2011 года основные лаборатории системы минздрава Египта, расположенные в Каире, внезапно были опустошены во время беспорядков. В результате пропали ампулы со штаммами различных микроорганизмов, в том числе образцы вируса H5N1. И здесь у Египта имеются большие проблемы: страна находится на втором (после Индонезии) месте по заболеваемости этой разновидностью гриппа. Сначала предполагалось, что мятежники понятия не имели о содержимом похищенных ампул, ведь им была нужна только лабораторная электроника и холодильное оборудование. Однако никто не может сказать с уверенностью о дальнейшей судьбе ампул со штаммом гриппа – никто не знает, уничтожили их или нет.

С точки зрения ВОЗ события в Египте показали, что биологические лаборатории во многих странах мира вовсе не собираются принимать усиленные меры безопасности, уже взятые на вооружение голландцами для обеспечения безопасности исследовательской работы Фушье и американцами в отношении Каваоки. Генеральный директор ВОЗ Маргарет Чен и помощник генерального директора Кейджи Фукуда вспомнили эпидемию атипичной пневмонии 2003 года, в ходе которой китайское руководство скрывало факты и в течение нескольких месяцев не предпринимало никаких действий, после чего болезнь перекинулась на 29 стран.

Китайские власти понимали, что даже в тех странах, которые отвечали всем требованиям Международных медико-санитарных правил, вовсе не соблюдаются никакие правила техники безопасности ММСП по работе с технологиями двойного назначения. В большинстве стран Азии само понятие биобезопасности было в новинку, да и к тому же создавало путаницу. Даже в Европе не было никаких внятных руководящих указаний относительно исследований двойного назначения, биобезопасности или биозащиты. Европейские страны больше беспокоились о генетически модифицированных продуктах, чем о патогенах и микроорганизмах; европейцев заботило соблюдение Картахенского протокола по биологической безопасности (2000 г.), который, несмотря на свое название, никак не затрагивает вопросы терроризма, национальной безопасности или некоторые темы, поднятые в ходе дискуссии по исследованиям двойного назначения. Вместо этого Картахенский протокол уделял внимание лишь генетически модифицированным организмам.

Первый саммит ВОЗ по теме исследований двойного назначения, проведенный в феврале 2012 года, побудил Фушье и Каваоку донести до коллег всю подробную информацию о своих методиках проведения экспериментов и о полученных результатах. Сообщение Фушье об экспериментах с мутациями, казалось, успокоило многих, поскольку ученый признал, что не использовал методы синтетической биологии; да, он создал вирус, который заразил лабораторных хорьков, но при этом ни один из них не умер. В результате консультаций по вирусу H5N1, на которых преобладали вирусологи, специализирующиеся на изучении гриппа, ученые пришли к заключению, что исследования в этой области не столь опасны, как считалось ранее, и потому мораторий на их проведение вскоре может быть отменен.

Раздраженный Остерхольм заявил в Нью-Йоркской Академии наук, что США и ВОЗ еще не сформировали четких правил проведения исследований DURC, они пока что не выработали стандартов, определяющих уровень безопасности и у них нет никакой программы, предусматривающей применение в глобальном масштабе скоординированных защитных мер. В отличие от Остерхольма, многие другие участники дискуссии не проявляли столь сильного беспокойства, наоборот, они высказали мнение, что непомерный страх перед рисками, связанными с GOF-исследованиями, может нивелировать те потенциальные выгоды, которые общественное здравоохранение могло бы получить в результате этих самых исследований. Вскоре после встречи они заявили, что когда было нужно, то ни ФБР, ни ЦРУ, ни другие спецслужбы не смогли ни выявить, ни оценить опасность терроризма, связанного с применением биологического оружия, GOF-исследованиям и работам в области синтетической биологии.

читать продолжение.... http://donmigel-62.livejournal.com/feed

donmigel_62: (кот - учёный)

У генетического кода ДНК есть второе значение

(© krishnacreations/Fotolia)
© krishnacreations/Fotolia

Ученые обнаружили в ДНК второй – неизвестный до сих пор – код. Использование информации, зашифрованной этим кодом, кардинально изменит представления ученых о здоровье, мутациях и болезнях и методах их диагностики и лечения.

Это революционное открытие сделано группой во главе с доктором Джоном Стаматойаннопулосом (John Stamatoyannopoulos), доцентом кафедр геномики и медицины Вашингтонского университета (University of Washington), и опубликовано в журнале Science. Работа является частью проекта Энциклопедия элементов ДНК (Encyclopedia of DNA Elements Project), известного также как ENCODE, цель которого – узнать, где и как в геноме человека хранятся инструкции по реализации биологических функций. Эта многолетняя работа, в которой принимают участие ученые многих стран, финансируется Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute).


2_199.jpg
Доктор Джон Стаматойаннопулос

(John Stamatoyannopoulos) руководил группой,
открывшей второй код ДНК. (Фото: UW)

Со времени расшифровки в 60-х годах прошлого столетия генетического кода считается, что он используется исключительно для записи информации о белках. Ученые из UW были ошеломлены, обнаружив, что этот генетический код используется для записей двух потоков информации. В одном потоке зашифровано, как строятся белки, в то время как второй обеспечивает клетку информацией о том, как держать под контролем свои гены. Одни инструкции записаны поверх других, и именно поэтому второй пласт информации так долго оставался незамеченным.



«Уже более 40 лет мы исходим из предположения, что влияющие на генетический код изменения ДНК оказывают воздействие исключительно на синтез белков», – комментирует свое открытие доктор Стаматойаннопулос. «Теперь мы знаем, что это фундаментальное исходное положение о чтении человеческого генома представляет нам лишь половину всей картины. Полученные нами новые данные ярко демонстрируют, что ДНК – невероятно мощный механизм хранения информации, который природа в полной мере использует самым неожиданным образом».


В генетическом коде используется алфавит из 64-х букв, называемых кодонами. Группа из UW установила, что некоторые кодоны, названные учеными дуонами (duons), могут иметь два значения, одно из которых связано с белковой последовательностью, а другое – с контролем над генами. По-видимому, эти два типа значений развивались в тесном взаимодействии друг с другом. Инструкции по контролю над генами, очевидно, помогают стабилизировать определенные полезные свойства белков и их синтез.

Открытие дуонов окажет огромное влияние на интерпретацию учеными и врачами генома пациента и откроет пути к кардинально новым методам диагностики и лечения заболеваний.

По мнению доктора Стаматойаннопулоса, «тот факт, что генетический код одновременно передает два вида инструкций, означает, что многие изменения ДНК, которые, по-видимому, модифицируют белковые последовательности, могут фактически вызывать заболевание, нарушая программы контроля над генами или даже оба механизма одновременно».

Оригинальная статья

Exonic Transcription Factor Binding Directs Codon Choice and Affects Protein Evolution




Источник: http://www.washington.edu/…enetic-code/


Profile

donmigel_62: (Default)
donmigel_62

March 2014

S M T W T F S
       1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 1819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Page Summary

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags